Cuando son apropiadas, las proteínas fluorescentes son mucho más fáciles de usar que la luciferasa ya que solo requieren modificación genética (al menos en principio). Una vez que exprese GFP, debería poder medir la fluorescencia de inmediato. Con la luciferasa, debe introducir el sustrato luciferina en el sistema de alguna manera para obtener una luminiscencia medible.
Dependiendo de qué luciferasa estés usando y en qué organismo lo expreses, el sustrato puede ser o no permeable a la membrana. Si no es permeable a la membrana, puede lisar las células para medir la actividad de la luciferasa, pero esto significa que tiene que lisar las células (lo que hace que sea difícil / molesto hacer mediciones de series de tiempo). Alternativamente, puede introducir la ruta de producción de luciferina en su organismo (Kishony y Liebler 2003). Esto le permite medir la luminiscencia sin lisar sus células, pero introduce todo tipo de advertencias ya que la producción de luciferina puede variar con las condiciones ambientales (oxigenación, concentraciones de azúcar, potencial redox, pH, etc.).
La ventaja principal de la luciferasa es que puede obtener mediciones mucho más sensibles de ella: un rango más dinámico y más precisión. Si necesita 3-4 órdenes de magnitud de rango dinámico, estará mucho mejor con una luciferasa que con un fluoróforo.
