Necesitamos un poco más de información. ¿Es este un genoma no estudiado, o uno que ha sido secuenciado antes? ¿Conoces el tamaño del genoma? La cantidad de cromosomas (¿o es un genoma bacteriano)? ¿Cuál es el objetivo del experimento? ¿Estás tratando de obtener una región específica de 5 kb o bastará con una región de 5 kb?
Suponiendo que su genoma es bacteriano y aproximadamente 120mb, y suponiendo que no le importa qué región obtiene (siempre que sea de 5kb), puede tomar un enfoque estadístico para este problema. Eche un vistazo al sitio de corte de ejemplo para NotI:
5 ‘- GC | GGCCGC – 3’
Sabemos que el genoma en cuestión tiene un 60% de G + C y un 40% de A + T, por lo que podemos calcular la probabilidad de encontrar este sitio empleando las frecuencias de fondo:
(.3) (.3) (.3) (.3) (.3) (.3) (.3) (.3) = .00006561. En promedio, por lo tanto, deberíamos encontrar uno de estos sitios cada 15,241 pb. Si bien es posible que dos caigan exactamente 5 kb, no podemos depender de ello. Necesitamos un sitio de restricción más corto.
Probemos ScaI:
¿Es posible extraer un compuesto químico que se haya intercalado en el ADN?
¿Por qué los detergentes rompen la membrana celular pero dejan el ADN intacto?
¿Por qué el ADN y las proteínas forman una hélice?
¿Cómo interactúan el ADN y la proteína?
¿Se considera que las papas son más complejas que los humanos?
5 ‘- AGT | ACT – 3’
Esperamos encontrar este sitio cada (.2) (. 3) (.2) (.2) (.3) (.2) = .000144 ^ (- 1) = 6,944 pb. ¡Eso es mucho mejor! Y dado que los sitios deben estar distribuidos normalmente en todo el genoma, hay una buena probabilidad de que algunos de ellos estén ~ 5kb de diferencia. Pero apuesto a que podemos hacerlo mejor. ¿Puedes crear un sitio que corte, en promedio, cada 5kb?
Una vez que tenemos la enzima en cuestión, podemos ejecutar el resumen en un gel de agarosa y cortar la banda correspondiente a 5 kb. No hay garantía de que la banda sea la misma (es probable que haya MUCHOS fragmentos de 5 kb apilados uno encima de otro), pero no especificó que quería una salida pura.
Espero que ayude.
