Ab initio: desde el principio
Esencialmente significa desde los primeros principios, pero también a veces significa sin ningún sesgo añadido en la forma de un campo externo / término o fuerza potencial, para guiar el enlace. Esto podría significar cosas diferentes con respecto a diferentes estudios. Déjame darte algunos contextos.
a) La mayoría de las simulaciones de dinámica molecular clásica usan potenciales fijos, con términos derivados de 2 cuerpos y 3 cuerpos. La combinación del MD clásico con la teoría de la estructura electrónica da lugar a una dinámica molecular ab initio . Que se basan ampliamente en (i) el método más eficiente de Car-Parinello que emplea DFT y (ii) MD Born-Oppenheimer.
Sin embargo, no veo cómo podría ser aplicable a las interacciones de unión a proteínas.
b) Con el uso extensivo de simulaciones de grano grueso en la última década, mucha gente se refiere a todas las simulaciones de átomos, sin ningún sesgo añadido (fuerza extra / potencial para impulsar un proceso favorecido) como procesos ab initio .
Simulación molecular de ab initio Protein Folding para una carpeta en milisegundos NTL9 (1-39)
c) En el caso del atraque (que esencialmente caracteriza la unión proteína-ligando), se utiliza una función de puntuación para evaluar la unión tratando la proteína y el ligando como objetos rígidos (en la mayoría de los casos), es decir, la columna vertebral de la proteína o incluso el las cadenas no pueden moverse / fluctuar. Aquí hay un documento que habla sobre un método ab initio que incluye una corrección por la falta de solvente en el acoplamiento, y una función potencial más refinada.
Predicción ab initio detallada del complejo de lisozima-anticuerpo con precisión de 1,6 Å
in silico: realizado en la computadora
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Cualquier simulación por computadora es un experimento in silico . Una simulación o acoplamiento de Monte Carlo o dinámica molecular, todos son experimentos in silico .
