La similitud se puede capturar mediante una alineación de algún tipo que se puede definir como una ” hipótesis sobre el comportamiento estructural / funcional equivalente “. Añadiré que esto es estrictamente diferente de la homología, lo que implica que existe un ancestro común entre dos proteínas.
Una alineación de calidad de proteínas similares le permitirá inferir la función o la conservación. A partir de un puntaje de esa alineación, ahora tiene una definición matemática de la similitud.
El primer tipo de alineación es una alineación de secuencia . Al organizar la secuencia primaria de sus dos proteínas, puede generar hipótesis sobre qué residuos comparten funciones estructurales / funcionales similares. Una coincidencia es una hipótesis, una similitud o que no hay suficiente tiempo evolutivo para sugerir lo contrario. Por el contrario, una brecha sugiere que tiene una mala alineación o que no existe una hipótesis de similitud.
Luego hay una alineación estructural . Al hacer coincidir la estructura terciaria de dos proteínas, puede generar hipótesis sobre qué residuos y dominios comparten funciones estructurales / funcionales similares. Al observar la superposición de las estructuras, se puede determinar el grado de similitud.
Incluso puede ir más allá y usar una alineación de red topológica . Al examinar y comparar redes similares a través de vías de señalización o interacciones de proteínas y proteínas, puede generar hipótesis de similitudes entre roles estructurales / funcionales. En función de sus socios que interactúan, puede inferir similitud.
tl; dr: dos proteínas son similares si comparten estructura o función relacionada. La similitud de esas dos proteínas se puede determinar mediante una alineación.
