El sistema de expresión de E. coli desplaza a la mayoría de otros para la cristalografía. Necesita mucha proteína para colocar bandejas y obtener cristales, y este es el sistema más fácil para obtener altos rendimientos. Hay momentos en que una proteína necesita expresarse fuera de las bacterias, por ejemplo, si requiere un corte y empalme de ARNm alternativo. Los sistemas de expresión alternativos más comunes son levaduras, células de insectos con baculovirus y líneas celulares de mamíferos. Pude rastrear estadísticas sobre sistemas de expresión del Protein Data Bank (http://www.pdb.org).
A continuación se encuentra la parte superior de una lista muy larga de sistemas de expresión utilizados a partir de las 68.266 estructuras cristalinas depositadas en el AP que enumeran un organismo de expresión. La mayoría son probablemente estructuras cristalinas. Puede ver la lista completa aquí: http://www.pdb.org/pdb/statistic…
Agregué algunos números para referencia. La caída en los sistemas de expresión es bastante pronunciada y sospecho que la mayor parte de la cola inferior consiste en falsos positivos de todos modos. Un breve resumen de los sistemas de expresión más comunes para la determinación de la estructura de proteínas:
- Bacterias (diversas cepas de E. coli, B. subtilis) ~ 89%
- Células de insectos (S. frugiperda, T. ni) ~ 4%
- Levadura (P. pastoris, S. cerevisiae) ~ 2%
- Células de mamífero (H. sapiens, células CHO, M. musculus) ~ 2%
- Sistemas sin células ~ 0.3%
Busqué varios géneros de cianobacterias en la categoría “Organismo de Expresión” de la búsqueda avanzada PDB (que se encuentra aquí:
http://www.pdb.org/pdb/search/ad…). Hubo dos aciertos pero uno fue un virus liberado en una cianobacteria y luego se resolvió con TEM (2XD8) y el otro fue un falso positivo. No hice una búsqueda exhaustiva, pero parece poco probable que existan. Ciertamente no es un sistema de expresión común si los hay.
