Esta estadística proviene de un documento de 2008 de Noah Fierer en PNAS. Los investigadores recolectaron bacterias de las manos de voluntarios, extrajeron su ADN y secuenciaron los genes de ARN ribosómico 16S presentes. (Definir especies es difícil para cosas como bacterias que rara vez se reproducen sexualmente, por lo que los biólogos generalmente definen una “especie” como las bacterias que tienen la misma secuencia de ARN ribosomal en sitios particulares). El número de especies bacterianas presentes en una muestra se definió como número de secuencias de ARN ribosómico únicas presentes. La técnica de secuenciación utilizada por los autores dio como resultado la producción de aproximadamente 4000 secuencias totales (es decir, no necesariamente únicas) de cada muestra.
Como se puede imaginar, las especies bacterianas más abundantes en la mano del voluntario contribuyen con la fracción más grande del ADN extraído, y por lo tanto se secuencian con mayor frecuencia. Por ejemplo, si una especie bacteriana compone el 50% de las bacterias en su mano, esa especie comería hasta 2000 de las lecturas de secuenciación. Las especies menos abundantes podrían no ser secuenciadas en absoluto. Por ejemplo, una especie que representa 1/8000 de las bacterias totales en su mano tiene un 50% de posibilidades de ser detectada.
Como experimento mental, imagine que la especie bacteriana en ambas manos es exactamente la misma. También asuma que algunas especies tienen gran abundancia y muchas especies están presentes en baja abundancia. Si secuencia muestras de ambas manos, se garantizará virtualmente que detectará todas las especies de gran abundancia en ambas manos, pero por casualidad detectará diferentes subconjuntos de especies de baja abundancia en cada mano. Es probable que esta sea la razón por la cual solo el 17% de las especies detectadas en la mano izquierda se compartieron con la derecha.
Una explicación alternativa podría ser que toque diferentes superficies con cada mano y que especies diferentes se establezcan en manos dominantes vs. no dominantes. Si esto fuera cierto, entonces podría esperar ver bacterias de diferentes grupos en cada mano. Los autores buscan esto (Fig. 1C) y encuentran pocas diferencias en la abundancia entre las manos para un número de diferentes phyla y subphyla bacterianas. Si bien puede haber unos pocos taxones que realmente son más probables de encontrar por un lado que por el otro, creo que la estadística que usted cita refleja principalmente una baja cobertura de secuencia de especies raras.
http://www.pnas.org/content/earl…
