¿Cuál es un buen método para comparar los niveles de expresión de proteínas en dos muestras de células diferentes?

Esta no es mi área de especialización en absoluto, pero lo he hecho una o dos veces (pero no recientemente).

Cuando lo hice, utilizamos DIGE (electroforesis en gel bidimensional con diferencia de fluorescencia) para hacerlo. Incluyo dos documentos de referencia, uno de los cuales habla de hacerlo para determinar los niveles de expresión diferencial entre cultivos celulares.

Validación y desarrollo de la tecnología de proteómica de electroforesis en gel diferencial bidimensional de fluorescencia

Electroforesis bidimensional diferencial en gel para la identificación de escáneres esofágicos Marcadores de proteínas específicos de cáncer de células

Esta última cuenta con pagos directos, pero si tiene acceso a revistas, probablemente pueda acceder a ellas.

Es bastante posible, incluso es probable que haya mejores soluciones en estos días, esto es exactamente lo que usamos porque teníamos acceso al equipo que se usaría, y no tuvimos ningún problema para lograr que el indicador de fluorescencia se una a nuestras proteínas objetivo .

Dudo incluso en dar esto como respuesta, pero fui A2A por Sophia Laza.

Si desea detectar proteínas directamente, Western Blot es la primera opción, si tiene el anticuerpo.

Cuando las personas hablan de “nivel de expresión de proteínas”, en su mayoría se refieren al nivel de ARNm. Muchas proteínas se degradan rápidamente y el nivel de proteína detectado por Western blot no puede representar su nivel de expresión. qPCR es la primera opción para detectar ARNm.

Respuesta larga corta: ELISA

Aquí hay algunos detalles de Thermo Fisher:
Descripción general de ELISA

Los westerns tienen problemas con la normalización de los conjuntos de datos, en resumen ELISA es, con mucho, el mejor enfoque.