Cómo determinar la localización de una proteína

Inmunomarcación con microscopio de fluorescencia + predicción y uso de bases de datos como

FunSecKB Fungal Secretome KnowledgeBase (FunSecKB)

FunSecKB2 The Fungal Secretome y Subcelular Proteome KnowledgeBase 2.1

MetazSecKB Metazoa (humano y animal) Protein Subcelluar Location, Secretome y Subcelular Proteome Database

ProtSecKB The Protist Secretome y Subcelular Proteome KnowledgeBase

PlantSecKB The Plant Secretome y Subcelular Proteome KnowledgeBase

En cuanto a las herramientas, te remito a esta referencia Herramientas de predicción de localización subcelular

Debe etiquetar la proteína con una etiqueta con la que pueda verla bajo el microscopio. Puedes hacerlo de dos maneras:

  1. Ingeniero una línea celular con una proteína de fusión donde su proteína se expresa con una etiqueta fluorescente (por ejemplo, proteína verde fluorescente, GFP).
  2. Use una etiqueta fluorescente / luminiscente permeable a las células que sea altamente específica para su proteína de interés.

La primera opción es la más común porque no hay muchas etiquetas permeables a las células e incluso si puede encontrar / diseñar una, sería muy difícil hacerlo altamente específico para su proteína de interés.

Lo hice de las dos maneras, pero con la segunda opción aún necesitaba diseñar una línea celular, porque como dije, es difícil etiquetar una proteína simplemente insertando una etiqueta en la celda. Primero tuve que preparar una proteína de fusión con la contraetiqueta para hacerlo altamente específico. En segundo lugar, no hay muchas etiquetas permeables a las células disponibles comercialmente. Desarrollamos la etiqueta en nuestro laboratorio también.

En resumen, su mejor enfoque sería simplemente expresar su proteína con GFP (o cualquier otra proteína fluorescente adecuada).

Si necesita ayuda, envíeme un mensaje y estaré encantado de darle consejos.

Puede etiquetar su proteína de interés con un marcador fluorescente y observar su muestra en un microscopio de fluorescencia. Además, si se espera que colocalice o interactúe con otra (s) proteína (s) con una (s) localización (es) conocida (s), puede emplear múltiples marcadores fluorescentes.

El beneficio de utilizar múltiples marcadores es que puedes observar la colocalización de diferentes proteínas, lo que puede darte pistas adicionales con respecto a tu proteína de interés. Incluso puede cuantificar el grado de colocalización de marcadores fluorescentes usando CoLocalizer Pro para Mac y CoLocalizer para iPad. Para obtener más información acerca de la colocalización, visite el sitio de CoLocalization Research Software: http://www.colocalizer.com

La mejor manera es etiquetar su proteína de interés con GFP y observar bajo microscopio fluorescente. Y puede encontrar algo como esto: