Las enzimas de restricción son parte del sistema de restricción-modificación; las bacterias y Archea desarrollaron así el sistema como una defensa contra los virus. Las metilasas bacterianas protegen el ADN del huésped por metilación en las secuencias que las enzimas de restricción reconocen, y las enzimas de restricción no pueden dividir el ADN metilado. El ADN extraño (viral) por otro lado, se corta para evitar la infección.
Estas enzimas se convirtieron en una herramienta fundamental de la biología molecular y permitieron el desarrollo de la clonación molecular. Debido a que la secuencia de los sitios de reconocimiento era conocida, los mapas físicos del ADN se podían hacer mediante corte doble o triple, etc. Todavía se usan ampliamente en la mayoría de los laboratorios de biología molecular, existen miles de ellos.