Cómo detectar proteína de bajo peso molecular (<10 kDa) usando SDS-PAGE

Los péptidos se pueden detectar como proteínas más grandes con un 16,5% de acrilamida, 3% de reticulante SDS-PAGE. Hay algunas consideraciones especiales:

• Tricina frente a la glicina en el tampón del cátodo: [1] Las proteínas pequeñas a veces se enfocan de forma incompleta por el gel de apilamiento que puede dar como resultado bandas débiles y difusas. La solución es cambiar la glicina por tricina en el tampón del cátodo. En el gel de apilamiento, el movimiento de la proteína está restringido entre el ion con carga negativa en el tampón (Cl-) y el ion de carga positiva. [2]

La tricina migra más rápidamente que la glicina en el gel. El resultado es una separación más estrecha entre los iones retrógrados y líderes y un enfoque mejorado en el gel de apilamiento para proteínas pequeñas que migran rápidamente. La diferencia puede ser bastante dramática. [3]

• Tinción: la capacidad de teñir una banda de gel depende de la composición de la proteína; Las manchas de Coomassie se unen a los residuos básicos con más fuerza que cualquier otra cosa. [4] Este efecto no siempre se nota en proteínas más grandes ya que la composición de aminoácidos tiende a ser menos variable. Puede ser necesario un método de tinción alternativo, como la tinción con plata o zinc, para visualizar la proteína.
• Relación poco clara entre la posición de la banda y el MW: los péptidos no siempre se ejecutarán en el MW esperado debido a la unión desigual de la SDS. No hay mucho que se pueda hacer al respecto, excepto para calibrar de antemano con una muestra de péptido puro

Notas a pie de página

[1] Electroforesis en gel de poliacrilamida con dodecil sulfato de sodio con tricina para la separación de proteínas en el rango de 1 a 100 kDa

[2] Métodos de electroforesis de proteínas

[3] Artículo: Protocolos de la naturaleza

[4] ¿Por qué Coomassie Brilliant Blue R interactúa de manera diferente con diferentes proteínas? Una respuesta parcial.