La fuerza del enlace peptídico es atribuible en gran medida a la resonancia entre el nitrógeno y el grupo carbonilo. El enlace peptídico adquiere una característica de pseudo doble enlace; rígido, plano y más fuerte que un enlace simple CN típico.
Finalmente, el pliegue estable de la proteína representa la conformación de energía más baja disponible para la secuencia primaria de aminoácidos. Sin embargo, el número de pliegues posibles está restringido por la rigidez de los enlaces peptídicos así como por la identidad de cada aminoácido que forma la secuencia primaria. Por lo tanto, el plegado representa una minimización de energía dentro de los límites impuestos por la secuencia de aminoácidos primaria de las proteínas.