Creo que la entropía y la entalpía tienen mucho que ver con la velocidad de reacción en el proceso de recocido. Se sabe que el apilamiento de bases es entropically opuesto y conducido entálpicamente. Pero se cree que las interacciones hidrofóbicas actúan como el factor estabilizador del ADN. Además, las interacciones de Van der Waal pueden tener dos roles en el apilamiento: la repulsión y la atracción. Su característica repulsiva evitará un enfoque demasiado cerrado entre los átomos electronegativos en los anillos heterocíclicos, que a su vez puede afectar su velocidad de reacción en el proceso de recocido.
Otro factor que, en mi opinión, juega un papel vital en la decisión de la velocidad de reacción sería el trifosfato nucleotídico entrante en la arena de la ADN polimerasa durante la construcción de la estructura, ya que tiene el poder de liberar protones. Entonces, cada dNTP agregado a la plantilla durante la replicación implica una disminución en la entropía. Entonces, posiblemente, todas las moléculas de dNTP que lleguen al sitio de reacción de la ADN polimerasa pasen por una prueba de compatibilidad y sean incorporadas. Esta disminución en la entropía es superada por la energía que los dNTP aportan.
[Estoy avergonzado ya que no tengo ningún artículo de investigación o documentos que pueda compartir aquí en este momento y confirmo mi respuesta. Pero cuando lo haga, seguramente lo expresaré de manera precisa. Quiero porque esta es una pregunta interesante.
Espero que Sai Janani Ganesan o Alex Siegel puedan ayudarlo con esta pregunta]
