Depende de qué tan confiable y a qué escala quieras ir.
Si solo quiere tomar la estructura de rayos X y ejecutar el MD clásico después de algunos pasos de preparación estándar, olvídese de las estructuras con una resolución inferior a 3.0-3.5 A. Incluso en este rango, es probable que tenga que hacer un modelado de bucle y una cadena lateral. relleno, por lo que eventualmente necesitarás por lo menos 100-200 ns de equilibrio para reclamar (o para convencerme) que tienes una geometría inicial razonable.
Al mismo tiempo, un buen FF de grano grueso puede no tener problemas para manejar estructuras de resolución 3.0-4.0 A, ya que la acreciación de estos campos de fuerza es menor de todos modos.
Por otro lado, ahora existe un campo emergente de ensamblaje de estructuras supramoleculares usando mapas de densidad electrónica de baja resolución (4-7 A) de cryo-EM como potenciales de polarización, y estructuras de alta resolución de todos los átomos o modelos de homología de subunidades o dominios. que puede ser “guiada” por estas densidades de polarización para encajar en un modelo grande. Obviamente, estos modelos de átomos completos no se pueden validar objetivamente hasta el momento, por lo que es posible que no caigan en lo que ustedes llamarían confiable, y a menudo requieren una gran cantidad de trabajo (además de mucha precaución) para ensamblarse.
