¿Cuál es la diferencia entre una proteína soluble e insoluble?

La solubilidad de una molécula en agua depende de la medida en que los factores desfavorables para crear una cavidad en el agua se equilibren mediante interacciones favorables con las moléculas de agua circundantes. Una medida de las interacciones favorables de una molécula con el agua se denomina hidrofilicidad.

(Fuente: Afinidades de cadenas laterales de aminoácidos para agua disolvente, Wolfenden, R. et al., Bioquímica )

Las concentraciones relativas de la molécula en la fase de vapor y en la fase acuosa en equilibrio da el coeficiente de partición Kd:

[math] Kd = [X] agua / [X] vapor [/ math]

La transferencia de energía libre de vapor a agua viene dada por -RT ln Kd, que es una medida de la hidrofilicidad de una molécula. Por lo tanto, las moléculas más hidrofílicas tienen los valores más negativos.

Solubilidad proteica : las solubilidades de las proteínas en soluciones acuosas varían ampliamente. Se siguen muchos enfoques para comprender los efectos de los aditivos en la solubilidad y estabilidad de la proteína. Se ha demostrado mediante estudios de interacciones preferenciales de componentes solventes con proteínas a altas concentraciones de codisolventes [1]. Algunas proteínas son solubles en agua, mientras que otras son insolubles en condiciones fisiológicas y existen normalmente como sólidos, agregados en complejos de diferentes tamaños y especificidades.

Como ya se mencionó, la solubilidad de una proteína globular aumenta a valores de pH más alejados de su punto isoeléctrico. Por lo tanto, cuanto mayor sea la carga neta en la molécula de proteína, mayor será la repulsión electrostática entre las moléculas, que tienden a mantenerse en solución. La mayoría de las proteínas se despliegan a algún valor de pH con consecuencias drásticas para su solubilidad, ya que el proceso de despliegue expone muchas áreas de superficie no polares al disolvente. Una vez dicho esto, la energía libre de interacción altamente desfavorable entre los grupos no polares y el agua es uno de los factores más importantes implicados en la estabilización y solubilidad de la estructura de la proteína, así como en las interacciones proteicas en solución acuosa [2]. Cuando una molécula de proteína se incorpora desde la solución a la fase sólida, se elimina una cierta cantidad de agua de los puntos de contacto que contienen cadenas laterales no polares, así como las polares. Por lo tanto, las interacciones hidrofóbicas contribuyen a la diferencia entre los potenciales químicos de la proteína en solución acuosa y en la fase sólida, es decir, a la solubilidad de la proteína.

Además de la teoría de las interacciones hidrofóbicas, otras teorías de la solubilidad de las proteínas son:

  • Teoría Electrostatica: Toma en cuenta las bajas concentraciones de sal, ya que la molécula de proteína está rodeada por una atmósfera iónica descrita por la teoría de Debye-Hiickel, con un exceso de iones de carga opuestos a su carga neta. Esta selección disminuye la energía libre electrostática de la proteína, lo que resulta en una disminución de su actividad y un aumento en su solubilidad, siempre que el potencial químico de la proteína en la fase sólida permanezca constante. Para iones proteicos compactos, la solubilidad se describe por:
    [math] In (s2 / S2.w) = Z2e2NK / [2DRT (i + Ka)] [/ math]
    donde Z es la carga neta de la proteína, e es la carga electrónica, N es el número de Avogadro, D es la constante dieléctrica del medio, R es la constante de gas universal, T es la temperatura termodinámica (Kelvin), a es la suma de los radios del ion proteico y el promedio de los iones electrolito de soporte en la solución.
  • Cambio de potencial químico: es una forma alternativa de expresar el efecto de las interacciones proteína-disolvente sobre la solubilidad de una proteína a través del cambio en el potencial químico de la proteína.

Referencias

  1. Afinidades de las cadenas laterales de aminoácidos para el agua solvente, R. Wolfenden, * L. Andersson, PM Cullis y CCB Southgate.
  2. Teoría de la solubilidad de la proteína, Tsutomu Arakawa y Serge Timasheff.

Lea también:

  • Una revisión sobre nada: ¿las cavidades apolares en las proteínas están realmente vacías?
  • Un modelo de teoría de la información de interacciones hidrofóbicas.

Esta es en realidad dos preguntas separadas:

¿La principal diferencia entre las proteínas solubles e insolubles reside en la ubicación de los aminoácidos hidrofóbicos / hidrofílicos?

Sí. Los parches hidrofóbicos en la superficie están asociados con la agregación de proteínas. Por esta razón, hay una presión evolutiva contra tales parches y tienden a estar rodeados de residuos cargados para detener la autoasociación.

¿Las proteínas solubles se despliegan o cambian de forma cuando se disuelven?
En la mayoría de los casos, las proteínas agregadas insolubles parecen tener una estructura similar al estado nativo plegado. El despliegue en la escala global no parece ser necesario en la mayoría de los casos.

Agregación de proteínas: agregados plegables, cuerpos de inclusión y amiloide

Hay dos advertencias importantes con esta declaración.

  1. Digo “parece” porque es muy difícil determinar la estructura de un sólido amorfo no cristalino. La única técnica que funciona es la espectroscopía IR, que se limita a la determinación de la estructura secundaria. Aunque la estructura general es similar en la mayoría de los casos, probablemente haya diferencias estructurales que no pueden resolverse mediante IR.
  2. Hay excepciones importantes. Las excepciones más importantes son las proteínas que forman fibras amiloides. Las fibras amiloides tienen una estructura muy específica, muy termodinámicamente estable que puede ser muy diferente del estado nativo. Para formar tales fibras, la proteína debe desarrollarse primero.

Fuente de la imagen Drugs Fut 2004, 29 (6): 613

La solubilidad se trata de equilibrar la carga neta en el entorno solvente. Si hablamos de proteínas, la constante dieléctrica del solvente, la fuerza iónica, las interacciones hidrofílicas hidrofóbicas, el pH, el punto isoeléctrico de las proteínas, la temperatura y otras fuerzas débiles están involucradas en lograr una solubilidad perfecta. La solubilidad de las proteínas puede ser mayor a pH lejos del punto isoeléctrico de las proteínas, mientras que las variaciones de temperatura y otros factores tienen diferentes efectos dependiendo de la naturaleza de las proteínas, los tipos de aminoácidos que los componen y, por supuesto, la naturaleza de los solventes.

Volviendo a su consulta, las proteínas se pliegan o se despliegan durante el estado disuelto. Sí, las proteínas cambian su resistencia a la solubilidad en función del pH y la fuerza iónica del disolvente o tampón (precisamente). La solubilidad y la forma de la proteína permanecerán estancadas siempre que los factores mencionados anteriormente permanezcan constantes. La solubilidad es completamente dependiente del pH y de la fuerza iónica, ya que desempeñan un papel importante en impartir una distribución de carga global tanto para los restos proteicos hidrofóbicos como hidrofílicos. Las proteínas también cambian sus formas (reversibles) pero en medida mínima siempre que sean funcionales. La degradación de la proteína, la precipitación o la agregación producen cambios importantes irreversibles observados cuando la proteína no se aclimata con la fuerza iónica o el pH proporcionados.

Espero que ayude

En general, los residuos hidrófobos permanecen dentro del núcleo de una proteína plegada y los hidrófilos permanecen en la superficie de una proteína plegada.

Una excepción a esto es si la proteína es una proteína transmembrana, entonces es probable que tenga residuos hidrofóbicos expuestos a las colas de ácidos grasos de la membrana de fosfolípidos.

Cuando “liste” o rompe células abiertas para extraer proteínas, podría estar causando que las proteínas se desplieguen, se agreguen y se caigan de la solución (precipitado). Esto probablemente se deba a que las regiones hidrofóbicas de diferentes proteínas interactúan y evitan el plegamiento adecuado, sin embargo, la agregación también podría ser causada por múltiples enlaces de hidrógeno o enlaces disulfuro, aunque eso es menos probable.