¿Cómo la biología molecular y la bioquímica hacen descubrimientos tan detallados sobre los procesos celulares?

Como otros han mencionado, lleva años de lectura y aprendizaje poder responder estas preguntas. Estos descubrimientos no son eventos individuales, sino que se basan en siglos de investigación de diferentes científicos en múltiples campos.

Sin embargo, ya que pides un ejemplo (y estoy obsesionado con las proteínas), aquí está la historia detrás del descubrimiento de las estructuras de proteínas:

Estructuras secundarias de proteínas


  • Una serie de 8 artículos PNAS fueron publicados en 1950 por Pauling, Corey y Branson [1-8]. Antes de este descubrimiento, no existía la idea de que las proteínas tuvieran una estructura definida y no fueran amorfas .
  • Pauling y Corey usaron cristalografía de rayos X o (GRANDES cantidades de) patrones de difracción de cristales de proteínas para identificar patrones en proteínas.
  • Hoy en día, existen softwares para hacer esto, obtienes múltiples patrones de difracción, los alimentas en un programa, que te dará una figura de densidad de electrones 3D de la cual puedes descifrar la estructura de la proteína (como ahora conocemos las posibles longitudes de enlace, ángulos) , diedros, etc.).
  • En la década de 1950, este trabajo se realizó de forma manual. Pasaron años recopilando datos de múltiples pequeñas moléculas / aminoácidos / péptidos. Aquí están las primeras líneas de uno de sus 8 artículos [7]:

Durante los últimos quince años hemos estado atacando el problema de la estructura de las proteínas de varias maneras. Una de estas formas es la determinación completa y precisa de la estructura cristalina de aminoácidos, péptidos y otras sustancias simples relacionadas con las proteínas, a fin de obtener información sobre las distancias interatómicas, los ángulos de enlace y otros parámetros de configuración que permitan la predicción confiable de configuraciones razonables para la cadena polipeptídica. Ahora hemos utilizado esta información para construir dos configuraciones de hélice unidas por hidrógeno razonables para la cadena polipeptídica; creemos que es probable que estas configuraciones constituyan una parte importante de la estructura de las proteínas tanto fibrosas como globulares, así como de los polipéptidos sintéticos.

  • Algunas de las primeras estructuras cristalinas de aminoácidos (usando series 3D de Fourier) fueron descubiertas por Corey en la década de 1940 [10]. También es importante recordar que el trabajo de Corey fue posible gracias a Bragg, Ewald, Laue, Fraunhofer, Miller y una multitud de científicos que trabajaron con rayos X.
  • Pasaron años haciendo modelos basados ​​en sus datos. Pauling solía dibujar estructuras químicas para escalar en hojas de papel y doblarlas para determinar los patrones de enlaces de hidrógeno. [11]

  • Pudieron construir dos tipos de hélices basadas en sus datos, [matemáticas] \ alpha [/ math] y [math] \ gamma [/ math] helix.

El problema que nos hemos planteado es el de encontrar todas las estructuras con enlaces de hidrógeno para una única cadena polipeptídica, en la que los residuos son equivalentes (a excepción de las diferencias en la cadena lateral R). Un residuo de aminoácido (que no sea glicina) no tiene elementos de simetría. La operación general de conversión de un residuo de una única cadena en un segundo residuo equivalente al primero es consecuentemente una rotación alrededor de un eje acompañado de la traducción a lo largo del eje. Por lo tanto, las únicas configuraciones para una cadena compatible con nuestro postulado de equivalencia de los residuos son configuraciones helicoidales. Para un ángulo de rotación de 180 °, las configuraciones helicoidales pueden degenerar en una cadena simple con todos los átomos principales, C, C ‘(el carbono del carbonilo), N y O, en el mismo plano.

La hélice α ( izquierda ) y la hélice γ ( derecha ), como se describe en el artículo de 1951 de Pauling, Corey y Branson (1).

  • Por supuesto, hubo algunos errores en las observaciones de Pauling y Corey (hojas retorcidas [matemáticas] \ beta [/ matemáticas] por ejemplo), sin embargo, sus observaciones conducen al avance de la biología estructural, la bioquímica y la biofísica.
  • De hecho , Watson y Crick publicaron su modelo de ADN 2 años después de Pauling y Corey , y adoptaron la misma técnica.

Ver también: PNAS Classics – Estructura de proteínas; Inglaterra | PaulingBlog

Referencias [la mayoría de las cuales son gratis]
1. Coordenadas atómicas y factores de estructura para dos configuraciones helicoidales de cadenas de polipéptidos
2. La estructura de polipéptidos sintéticos
3. La hoja plisada, una nueva configuración de capa de cadenas de polipéptidos
4. La estructura de Feather Rachis Keratin
5. La estructura del cabello, el músculo y las proteínas relacionadas
6. La estructura de proteínas fibrosas del grupo de colágeno y gelatina
7. La estructura de las proteínas: dos configuraciones helicoidales enlazadas a hidrógeno de la cadena polipeptídica
8. La configuración de la cadena polipéptido en Hbmoglobina y otras proteínas globulares
9. El descubrimiento de la α-hélice y β-hoja, las principales características estructurales de las proteínas
10. La configuración de las cadenas polipeptídicas en proteínas
11. Inglaterra | PaulingBlog

En mi experiencia, la mayoría de las ideas derivadas sobre los jugadores y los mecanismos de señalización de una función celular particular ya sea quitando una proteína o gen particular o estudiando la interacción de dos o más proteínas o ADN. Puede eliminar una proteína en el nivel de transcripción (utilizando siRNA o eliminando un gen de interés; Gene knockout) o en el nivel de proteína (utilizando anticuerpos o inhibidores de molécula pequeña que se unen específicamente al objetivo). Puede estudiar la interacción de dos o más proteínas usando métodos como la coinmunoprecipitación (Métodos para investigar las interacciones proteína-proteína). También puede determinar si una proteína se une a un sitio particular en el genoma mediante un ensayo de cambio de gel o similar (ensayo de cambio de movilidad electroforética).

Es increíble la cantidad de información que puede obtener sobre la señalización celular mediante el estudio de cómo funciona una célula sin una proteína en particular o estudiando cómo las proteínas interactúan entre sí o con el ADN. Sin embargo, debe tener una hipótesis muy específica para encontrar el éxito utilizando estos y otros métodos similares. Sin una hipótesis, simplemente hay demasiadas posibilidades para obtener ideas significativas. La hipótesis debe estar relacionada con una función celular particular y, por lo tanto, es importante que se desarrolle un ensayo biológico relevante para ayudar a responder la pregunta.

Además, lamento haber citado Wikipedia, espero que pueda quitar los puntos importantes del artículo y descubrir la literatura principal utilizada para escribir los artículos.

Aquí hay un viejo recurso de reserva.
Análisis de pulso-persecución

Pon algo en la comida del organismo que puedas encontrar más tarde. Un isótopo es realmente bueno porque no cambia las propiedades químicas de las moléculas involucradas. Haga esto para un grupo completo de organismos, tantos grupos de ellos como desee para puntos de tiempo.

Espere un intervalo y luego mate al primer grupo de organismos. Espera otro intervalo y mata al segundo. Repita tantos puntos de tiempo como necesite.

Separa los organismos y encuentra lo que colocaste como marcador. Formará parte de los metabolitos, se incorporará a la maquinaria molecular del organismo o tal vez incluso al salir de una ruta excretora. Llame a su químico orgánico o bioquímico local para asegurarse de que usted, como biólogo molecular, no haya arruinado su análisis y haya caracterizado completamente la molécula.

Ahora elimine uno de los genes que cree que están involucrados en este proceso y repítalo.

Este es solo uno de los muchos métodos en la caja de herramientas de un científico de vida.

El favorito de otro bioquímico es triturar el organismo y extraer y purificar sus moléculas y luego agregar una fracción a otra y ver si obtienes alguna actividad.

Para una mirada cómica de este proceso, pruebe estas parábolas:
La salvación de Doug (bioquímico Douglas R. Kellogg) y la muerte de Bill (genetista William T. Sullivan).

Doug y Bill

Boletín de la Sociedad Genética de América, 30 de abril de 1993
GENErations Vol. 1, No. 3 y GENErations, Vol 2, No. 1

Buenas respuestas aquí ya

Cuando quiero aprender algo, generalmente me meto en Google Scholar (Google Scholar) y realizo una búsqueda avanzada (haga clic en la flecha pequeña dentro del cuadro de búsqueda).

La búsqueda de publicaciones que contengan todas las palabras “aparato de composición de golgi” devuelve 91.200 hits. Luego empiezo a buscar los títulos de los artículos y el año de publicación. Un artículo en Journal of Cell Biology (1981) se titula, “El aparato de Golgi (complejo) – (1954-1981) – desde el artefacto hasta el centro del escenario”. Un pdf gratuito del artículo está disponible (los resultados de búsqueda lo dicen). Tiene 27 páginas, con 154 referencias que se remontan a 1898.

Limitar los años de publicación de búsqueda no más recientes que 1960 devuelve 1,230 visitas.

Como otros han sugerido, comenzar con un buen libro de texto que tenga una sección de referencia sustancial es ciertamente un enfoque razonable. Mi preferencia personal es “empezar desde cero” con mis propias búsquedas bibliográficas.

Usted preguntó: “¿hay algunos principios generales que puedan explicar los fundamentos de la naturaleza del descubrimiento en estos campos?” Hay uno: el método científico.

Para saber la respuesta a estas preguntas, debe leer un libro de texto que hará referencia a algunos de los artículos científicos originales en cada campo, y luego ir a leer esos y algunos otros que lo siguieron. Te llevará mucho, mucho tiempo, porque estamos hablando de décadas de investigación, por miles de científicos.

No hay otra forma de conocer los detalles, desafortunadamente. Y eso se aplica a todos, ya sea usted una persona laica que hace autoaprendizaje o un estudiante graduado en el campo o un profesor.

Más de miles de científicos están trabajando y han trabajado en el laboratorio, probando la hipótesis realizando varios estudios y experimentos que, cómo, por qué, cuándo, dónde varias vías y mecanismos están funcionando dentro de la célula. El avance en la biología molecular vino con la identificación del ADN (Freidrick Miescher) y su doble estructura helicoidal, que fueron probados por varios científicos (Watson y Crick y Rosalind Franklin).
Si necesita averiguar “cómo realizaron su experimento”, entonces debe estudiar los artículos de investigación que están disponibles en Google Scholar, NCBI, SCOPUS, etc.
Allí puede obtener los documentos “más antiguos a los más recientes” en el campo de la ciencia y la tecnología.
Al final del libro, la sección de bibliografía contiene toda la referencia que se toma de los artículos de investigación que le darán la idea de cómo se diseñaron y realizaron los experimentos, también esos documentos le darán nuevas ideas y le ayudarán a diseñar su propio conjunto de experimentos en el futuro.

Los libros de texto generalmente tendrán una lista de artículos que citan para un capítulo determinado. Esto le indicará qué leer, ya que le brinda el trabajo fundamental para un campo determinado. Y tienes razón en que la respuesta es mucho más de lo que cabría en una publicación de Quora.

Puedo dar una pequeña parte sobre la base de la investigación que he hecho. Estaba en un proyecto de rotación que estaba buscando conversaciones cruzadas entre dos receptores diferentes. Hubo algunos trabajos previos que caracterizaron posibles proteínas aguas abajo. Debido a que las proteínas aguas abajo se activaron por fosforilación, pudimos usar eso para medir los cambios en el sistema. Entonces, para empezar, establecimos que en nuestro sistema celular esa adición del ligando para el Receptor A podía inducir la fosforilación de la Proteína aguas abajo. Hicimos esto con una transferencia Western, por lo que se puede usar cuantitativamente para comparar directamente el tejido que recibió ligando versus el que no lo hizo. Una vez que pudimos medir el Activado del Receptor A de esta manera comenzamos a agregar medicamentos, inhibidores al Receptor A y al Receptor B. El inhibidor del Receptor A debería reducir su señalización (medida por la fosforilación de la Proteína Aguas abajo), esto es bastante no controversial. Sin embargo, un inhibidor del Receptor B no debe alterar la señalización del Receptor A a menos que se requiera alguna señal del Receptor B para activar el Receptor A.

Esto solo establece que hay comunicación de un receptor a otro, pero es el comienzo de trazar un camino. Obviamente, no explica cómo están conectados, pero la ciencia se mueve bastante despacio. Lleva muchos años trazar una ruta molecular y requiere la colaboración de muchos laboratorios diferentes utilizando muchos métodos diferentes (a veces mientras se desarrollan otros nuevos).

Años y años de investigación específica de los pequeños detalles.
Y luego un montón de tiempo usó las piezas para enredarlas.

Tenía un poco de historia de biología molecular durante mis cursos de bioquímica, la mayoría de mis profesores habían experimentado algún tipo de cambio de paradigma en biología molecular y nos lo contaron para asegurarnos de que sabíamos que lo que nos enseñaron era la comprensión actual … y eso también podríamos ver cambios en nuestra vida.
(Experimenté pasar del Dogma Central al nonsensDNA y el ARN de regulación es realmente importante)

Pero el camino es usualmente:
Vemos algo
Intentamos adivinar de qué se trata.
Diseñamos pruebas para descubrir qué sucede.
Intentamos interpretar nuestros resultados.
Rehacer desde el comienzo.

7.28.1x de MIT en EdX cubre cómo se descubrieron la mayoría de los procesos en la replicación y la reparación del ADN.