No hay una regla general para esto. Cada proteína tiene un patrón de plegamiento y un destino únicos (membrana celular, soluble) que hacen que sea imposible predecir si una etiqueta afectaría su actividad.
Te dirijo a la puerta de búsqueda para una discusión similar con referencias incrustadas: ¿afectará His-tag a la estructura o actividad de una proteína?
También encontré un artículo relevante en el que los autores observaron que para una proteína modelo expresada por linfocitos, la localización subcelular de la proteína de fusión con GFP era diferente a la de la proteína nativa, lo que sugiere que la célula usa un procesamiento intracelular diferente para segrega la proteína (La fusión de la proteína fluorescente verde al extremo C de la granulisina altera su localización intracelular en comparación con la molécula nativa)
Generalmente, estos tipos de estudios deben tomarse con un grano de sal, ya que existe tal biodiversidad de estructura y función de proteínas. Las lecciones aprendidas de un modelo de proteína pueden no aplicarse a todas las proteínas.