Creo que esta es una pregunta difícil de responder sin escribir un ensayo completo, pero traté de describir las principales diferencias de una manera un tanto simplificada:
Western blot y ELISA proporcionan formas de cuantificar la cantidad de proteína en lisados de células (o tejidos) basándose en su unión a un anticuerpo primario. La principal diferencia es que Western Blot proporciona la separación de proteínas en función del tamaño. De esta forma, las proteínas pueden cuantificarse incluso si el anticuerpo primario tiene unión no específica a otros epítopos (lo que da como resultado bandas correspondientes a otros pesos moleculares). La desventaja es que el método lleva mucho tiempo y es un poco difícil de dominar. ELISA, por otro lado, es rápido y fácil pero no muy útil a menos que el anticuerpo primario sea realmente específico.
La citometría de flujo es una bestia diferente. Este método mide las células intactas basándose en sus capacidades de dispersión de la luz (una especie de medida indirecta de tamaño y granularidad citoplásmica) y, por lo general, en varios canales de fluorescencia. La fluorescencia puede ser proporcionada por proteínas fluorescentes producidas por la célula o por anticuerpos secundarios fluorescentes que se unen a anticuerpos primarios en la superficie celular. El primero se usa típicamente para medir, por ejemplo, GFP introducido como un gen reportero como parte de un vector genético (la citometría de flujo puede usarse para identificar las células que han tomado el vector) y el último se usa para identificar células que tienen una cierta proteína en la superficie de la célula. Dado que las células están vivas e intactas durante todo el proceso, la citometría de flujo también se puede usar para la clasificación, de modo que las células positivas para algún marcador de superficie puedan desviarse a un contenedor separado y luego cultivarse por separado. La desventaja es que la proteína de interés debe estar presente en el exterior de la célula, de lo contrario, el anticuerpo primario no se unirá a ella.