¿Cuáles son los trucos de laboratorio más útiles, consejos y trucos para la biología molecular / bioquímica?

Una de las cosas que encontré en la escuela de postgrado fue que muchos protocolos de biología molecular más antiguos habían sido puestos en forma de kits por vendedores de productos científicos, y al hacerlo, a menudo se hacían considerablemente peores que los protocolos originales. Los Protocolos Cortos de Ausubel en Biología Molecular -puede elegir una copia usada por alrededor de $ 20- valen su peso en oro. Protocolos Cortos en Biología Molecular, 4ta Edición: 9780471329381: Libros de Medicina y Ciencias de la Salud @ Amazon.com. Obtenga la cuarta edición anterior, no la más reciente, que se expandió innecesariamente a un conjunto de dos volúmenes.

Uno de los mejores ejemplos es la mini preparación de lisis alcalina simple. La primera vez que probé el protocolo de Ausubel, y esto no es una exageración, al menos dos órdenes de magnitud más de ADN plásmido que de los principales proveedores de kits … y tomó casi la misma cantidad de tiempo. Nunca compré otro kit de purificación de plásmidos. Otros estudiantes de posgrado se preguntarían qué estaba haciendo, como si la mini preparación no hubiera existido antes de que Qiagen apareciera con una columna de giro mágico. Por algo así como $ 100 (el costo de un kit de Qiagen) puede tener suficientes materiales de mini preparación para ayudarle a través de toda la escuela de posgrado. Obtendrás mucho más ADN y no te arrepentirás.

Hay miles de otros ejemplos como este. A veces, la forma más antigua y económica es en realidad mucho mejor.

1. Siempre Prepare los medios de cultivo en grandes cantidades y almacénelos a 4 grados Celsius. Ahorra mucho tiempo de autoclave y trabajo duro.
2. Siempre haga reservas de glicerol de clones con mejor expresión y guárdelos en un congelador de -80 grados Celsius. Sus placas de uso diario pueden morir en cualquier momento debido a múltiples razones.
3. Almacene las reservas de glicerol en varios lugares para que, incluso si uno de esos congeladores caiga, tenga otra reserva.
4. Como señaló Gong Cheng, siempre optimice el codón con respecto al sistema de sobreexpresión ( E. coli , levadura, o lo que sea …) que está utilizando. O puede hacerlo manualmente o puede usar algunas compañías de síntesis de genes. Uso GenScript para la síntesis de genes y la optimización de codones.
5. De lo contrario, también puede usar sistemas de expresión optimizados para expresar proteínas de organismos específicos. E.coli Rosetta & Rosetta DE3 son ejemplos.
6. Piensa cuántos geles necesitarás para la semana y hazlos a la vez. Guárdelos en 4 grados Celsius. Hacer cultivos y geles son los trabajos más aburridos en un laboratorio de bioquímica.
7. CONSEJO DE MITO DE BUSTING: no necesita hacer APS nuevo cada vez. Haga una solución de 1 ml en un Eppendorf y guárdelo en su escritorio. Úselo hasta que lo termine. Funciona tan bien como Fresh APS.
8. CONSEJO ÚTIL: ¿Cómo se hace que el límite entre el apilamiento y el gel de resolución sea una línea recta aguda? Una vez que vierta el gel de resolución, agregue algo de isopropanol encima. Permanecerá separado de la fase y una vez que el gel de resolución se polimerice dejará un borde agudo y recto. Verter el isopropanol y pasar al gel de apilamiento. Me ayuda a obtener bandas rectas agudas cada vez.
9. Utilizo geles SDS generalmente a 70 u 80 V y siempre se resuelven mejor con bandas nítidas. Odio cualquier cosa por encima de 110 V.
10. Siempre y siempre revise si los equipos están funcionando en buenas condiciones al comienzo de una serie de experimentos. Tener que tirar las muestras porque el láser de su microscopio no está encendiéndose, el sonicador está caído, o la quimioluminiscencia no funciona, es simplemente desalentador.
11. Guarde siempre sus datos de las máquinas de instrumentos en otro lugar. NO DEJARLO ALLÍ. Guárdelo en múltiples computadoras. Las computadoras asociadas a los instrumentos son siempre las peores y se cuelgan a menudo.
12. Tenga un interés genuino en ayudar a otros con su investigación. Cultive el hábito de compartir cosas. Hará tu vida más fácil donde sea que estés.

Seguiré actualizando esta respuesta con más consejos a medida que encuentre nuevos.

Consejo: aprendí de un ganador de un premio Lasker: supongamos que quiere hacer un litro de etanol en porcentaje. Digamos un 58% solo para hacer que las matemáticas sean molestas. Por supuesto que va a diluir el 95%, no la costosa prueba de 200. Simplemente coloque 580 ml de etanol al 95% en el cilindro graduado y añada agua a 950 ml. Funciona por cualquier porcentaje!

Aprenda a usar los recursos de soporte técnico de sus proveedores.

Pasé un par de años trabajando para una empresa de biotecnología hace unos años. Yo no tenía soporte técnico, pero como gerente de producto, interactué extensamente con colegas de ese departamento y cubrí el soporte técnico durante un par de días festivos. Obviamente hay mucha variabilidad entre las empresas, y trabajé para una compañía conocida por su excelente soporte técnico, pero viniendo de un laboratorio de investigación académica fue una revelación para mí ver cuánto pudieron ayudar a los investigadores que llamaron con técnicas problemas relacionados con nuestros productos.

Muchas consultas de soporte técnico son completamente innecesarias, ya que las respuestas ya están en los insertos y manuales del producto, ¡así que revisa esos recursos antes de llamar o enviar un correo electrónico! Se produce una llamada de campo molesta después de la llamada que le pide información que está en la etiqueta jodida. Sin embargo, muchas compañías tienen conjuntos de datos extensos y otros recursos que no se difunden con sus productos, y que no se hacen públicos a menos que usted lo solicite. Por ejemplo, pueden tener datos de estabilidad del producto y otros resultados de pruebas “fuera de etiqueta” que pueden ayudar a los investigadores a comprender qué tan lejos pueden empujar los tiempos / temperaturas de protocolo recomendados, o si pueden usar el producto para una aplicación que no fue originalmente desarrollado para. El soporte técnico probablemente también tenga experiencia para ayudar a otros grupos a hacer preguntas similares, y compartirá todo lo que pueda sin incumplir ninguna política o acuerdo de confidencialidad. Después de todo, quieren que compre más producto, por lo que les conviene ayudarlo. !

Si desea hacer algo realmente genial y novedoso con el producto, incluso podrían trabajar con usted para probarlo, ahorrándole tiempo y dinero, de esa manera pueden comercializar el producto para diferentes aplicaciones y aumentar sus ventas. ¡Solo recuerde ejecutar todo a través de su propiedad intelectual / oficina legal antes de aceptar cualquier cosa!

Vale la pena preguntarle a los representantes locales amistosos de soporte técnico sobre cualquier cosa, lo peor que pueden hacer es decir ¡no!

mejorar el nivel de expresión de la proteína mediante la sustitución del codón raro por uno común. la mayoría del estudio de bioquímica favorece una gran cantidad de proteína expresada. En algún momento, el nivel de expresión es bajo simplemente porque el codón utilizado en la construcción no está optimizado para el conjunto de ARNt del sistema de expresión. En ese momento, puede verificar cuál es el codón común en el sistema de expresión y reemplazar el codón raro con el común mediante PCR.

Al centrifugar, coloque Eppendorfs en un rotor de tal manera que la tapa-tubo-unión plástica-cosa (que se une a una tapa y un tubo) mire hacia el exterior. Entonces siempre sabrá que el pellet (por homeópata que sea) está en este lado después de la centrifugación.

Si necesita cultivar una gran cantidad de cultivos de medios sólidos y no necesita rayas o colonias individuales, puede usar placas de pocillos 24. 48, 96, etc. y pipetear los medios en los pocillos de la placa. Esto puede evitar el uso de docenas de placas comunes. Una cosa a tener en cuenta para esto, especialmente en el caso de las placas de 96 pocillos es que los medios sólidos pueden ser propensos a formar burbujas en pequeños volúmenes. Pruebe el volumen más grande que pueda que aún se ajuste en los pocillos y no permita que la punta entre demasiado en los medios. ¡También, pipetee rápidamente! Los medios se solidificarán rápidamente cuando estén en volúmenes pequeños. Puede ser algo complicado, pero puede ser muy útil para conservar placas y espacio.

Originalmente escribí esto en los comentarios a mi respuesta a ” ¿Cuáles son los errores más comunes (evitables) en la PCR?”
Un pequeño consejo que aprendí de un compañero de trabajo que encuentro muy útil al configurar múltiples reacciones de PCR en una placa de 96 pocillos o de 384 pocillos es hacer coincidir el diseño de mi plato con el diseño de los consejos que se usarán para pipetear cDNA. Esto ayuda a mantener un registro de los pozos a los que se ha agregado ADNc. Entonces, incluso si hay alguna distracción, sé qué pozos ya tienen cDNA.