Hay varias premisas equivocadas en la pregunta
Lo que se agrega a una piscina no es “cloro” en el sentido químico, sino un agente de oxidación que contiene un átomo de cloro.
Lo que se agrega al agua potable no es flúor (el elemento extremadamente reactivo), sino flúor (el ion mucho menos reactivo).
Además, las biomoléculas desnudas que se encuentran en el agua potable y el agua de natación no deberían estar allí, y ciertamente no están destinadas al consumo.
Ahora, si hay alguna razón para preocuparse por las reacciones que tienen lugar, debe observar las concentraciones de los reactivos.