¿Solo las proteínas covalentemente unidas cuentan como una sola macromolécula con una densidad única?

Realmente no puedes decirlo.
Es cierto que los cristales de agua (hielo) forman estructuras que son más grandes de lo que deberían debido a esas interacciones no covalentes (enlaces de hidrógeno).
Sin embargo, en el caso de las macromoléculas, las posibles interacciones, los sitios y otros son demasiado numerosos para dar una respuesta amplia.
Quizás el complejo será un toroide, con un gran volumen vacío. O tal vez la estructura será una especie de hélice con un pequeño volumen.
Usted simplemente no puede decir.