La vida surgió por primera vez hace unos 3.500 millones de años. Una vez que surgió la vida, comenzó el proceso evolutivo. Todos los organismos están conformados por selección natural. Llamamos a algunos de esos organismos patógenos simplemente porque han evolucionado para usar los recursos que se encuentran en nuestros cuerpos (u otros animales). En el proceso de usar los recursos en nuestros cuerpos, destruyen las células y causan enfermedades.
Más detalles se pueden encontrar aquí: Evolución desde la vista de un virus
Pensamos que las enfermedades son malas porque nos afectan. Desde la perspectiva de los agentes de la enfermedad (bacterias, virus, etc.), somos simplemente otro recurso para que ellos vivan y se reproduzcan. Estos agentes de la enfermedad pueden tener miles o millones de generaciones para cada generación humana. Esas son muchas las posibilidades de que se produzca la mutación y la selección natural.
Más información aquí: Rapid Evolution Página 1
Una vez que comprenda cómo se desarrolla el proceso evolutivo, la gran cantidad de enfermedades en el mundo tiene sentido.