La cromatografía de afinidad es la más adecuada para separar las proteínas que se unen fuertemente a su sustrato.
La cromatografía de afinidad es un método de separación de mezclas bioquímicas basado en una interacción altamente específica entre antígeno y anticuerpo, enzima y sustrato, o receptor y ligando. Es un tipo de técnica de laboratorio cromatográfica utilizada para purificar moléculas biológicas dentro de una mezcla mediante la explotación de propiedades moleculares.
Las macromoléculas biológicas, como las enzimas y otras proteínas, interactúan con otras moléculas con alta especificidad a través de varios tipos diferentes de enlaces e interacción. Tales interacciones incluyen enlaces de hidrógeno, interacción iónica, puentes disulfuro, interacción hidrofóbica y más. La alta selectividad de la cromatografía de afinidad se produce al permitir que la molécula deseada interactúe con la fase estacionaria y se una a la columna para separarla del material no deseado que no interactuará y eluirá primero.