¿Qué está haciendo la digestión? Una enzima? ¿Varios? ¿Trabajan en su proteína de interés? ¿Y qué tan lejos quieres que sea digerida la proteína? Para aminoácidos individuales? ¿Y en qué temperatura y pH estás ejecutando este experimento?
No creo que estés listo para diseñar este experimento. Tal vez termine la clase de laboratorio o lea más en el libro de texto.