No hay escalas hidrofóbicas universales ni residuos hidrofóbicos **. Los diferentes residuos se denominan * hidrofóbicos * en diferentes escalas, ya que el método empleado para construir estas escalas es único para el propósito de dicha escala.
- No hay un solo índice de hidropatía, pero hay muchas escalas diferentes según el método empleado.
- El más utilizado / referenciado es la escala Kyte-Doolittle [1].
- Las energías libres de partición (coeficiente de partición) se usan generalmente para construir escalas de hidrofobicidad. Entonces, estas son escalas de energía sin transferencia, en oposición a las escalas de * hidrofobicidad *.
- Los primeros estudios utilizaron energías de partición agua-etanol, la escala KD utiliza energías libres de vapor de agua junto con una escala de accesibilidad a los disolventes de los aminoácidos que se encuentran en las proteínas globulares [2].
- Dicho esto, a menos que tenga acceso a datos de energía gratuitos, no puede leer la escala con precisión.
Aquí hay datos de [1] 
Como ya habrás adivinado, si cambias el parámetro de energía libre a agua-etanol, agua-octanol o bicapa de agua-lípido, la balanza cambiará drásticamente. Es por eso que tenemos diferentes índices de hidropatía.
Como alguien que estudia las interacciones péptido-lípido, mi elección personal de escala es la escala de Wimley-White [3]. Esta escala se basa en la energía libre de la partición del agua en la bicapa lipídica POPC.
** basado en escalas
Referencias
[1] Un método simple para mostrar el carácter hidropático de una proteína.
[2] La naturaleza de las superficies accesibles y enterradas en las proteínas.
[3] Escala de hidrofobicidad determinada experimentalmente para proteínas en las interfaces de membrana
