Diseño de fármacos: ¿Cuál es la diferencia entre “ab initio” y “in silico” para las interacciones de unión a proteínas?

Ab initio: desde el principio Esencialmente significa desde los primeros principios, pero también a veces significa sin ningún sesgo añadido en la forma de un campo externo / término o fuerza potencial, para guiar el enlace. Esto podría…
Fisiología: ¿Cuál es el mecanismo de transformación que lleva al trifosfato de adenosina (ATP) para potenciar la vida celular y la función del órgano?

El ATP almacena su energía en forma de enlaces químicos muy similares a los enlaces carbono-carbono en la gasolina. Los enlaces de fosfato almacenan enormes cantidades de energía y sirven como una fuerza motriz química para otras reacciones.…
Biofísica Computacional: ¿Qué contribuye más a los errores en la predicción y simulación de la estructura: inexactitudes en el hamiltoniano o muestreo insuficiente?

Sorprendentemente, para la mayoría de las proteínas, en realidad es un muestreo conformacional . Si nos fijamos en la mayoría de las parcelas RMSD vs. energía, claramente hay un embudo, pero raramente tomamos muestras de esas conformaciones. Echemos…
¿Qué cantidad de química orgánica y bioquímica deberían aprender los biofísicos?

Orgánico, no tanto. La bioquímica y la química física son definitivamente necesarias.
¿Por qué el cloruro de guanidinio es tan bueno para desnaturalizar proteínas?

La desnaturalización de las proteínas resulta de la interacción preferencial, lo que significa que las moléculas desnaturalizantes tienen una interacción atractiva con la superficie de la proteína. Como resultado, habrá una ganancia de energía libre si se expone…
¿Qué métodos se utilizan para determinar si una proteína sufre un cambio conformacional en determinadas circunstancias?

La respuesta a su pregunta casi describe qué tipo de describe lo que una gran parte de los bioquímicos / biofísicos hacen para ganarse la vida. La respuesta a su pregunta es muy amplia y trataré de cubrir…
¿Qué biomoléculas tienen las mejores propiedades físicas?

ADN, ARN, lípidos de cadena larga, casi cada isoenzima, enzima y alelo en el sistema catalítico P450, neurotransmisores, axones, hendidura sináptica en ciertas regiones cerebrales, mitocondrias, neuromoduladores, Der Flugschreiber en el lado derecho del cerebro, por nombrar algunos…
¿Qué técnicas existen para manipular moléculas individuales como ribosomas individuales y pequeñas moléculas de ADN?

La observación de una sola molécula es una parte fascinante de la bioquímica. Tienes que apreciar el hecho de que simplemente “observar” una sola molécula en el trabajo ya es una tarea desalentadora. Hay muchos métodos para hacerlo,…
¿Cuán computacionalmente costoso es predecir las interacciones de acoplamiento proteína-proteína, en relación con la predicción de la estructura de la proteína?

Proteínas plegables de los primeros principios: Meses y generalmente no tiene éxito excepto por las proteínas más pequeñas [1] Predicción de la estructura de la proteína usando estructuras previas en el PDB: 8 horas (ITASSER) Atraque de proteínas…
¿Cuán reproducibles son las estructuras cristalinas de rayos X de las proteínas?

En el contexto de otros ensayos bioquímicos, las estructuras son extremadamente reproducibles. Las proteínas son moléculas fundamentalmente dinámicas. La cristalografía, como todas las demás técnicas de biología estructural, es un método de promediado. La estructura es un promedio…