¿Cómo determina la secuencia de aminoácidos primaria de forma única la estructura tridimensional de la proteína?

Si bien es cierto que la estructura tridimensional de las proteínas no está determinada únicamente por la secuencia y, obviamente, depende del entorno y las condiciones, está determinada en gran parte por la secuencia. Pero preguntas CÓMO? Uno…
Si eliminaras 5 de los 20 aminoácidos, ¿qué eliminarías?

Básicamente, usted pregunta por la matriz de Dayhoff (o cualquiera de las otras varias familias de matrices de sustitución de aminoácidos utilizadas en los algoritmos de alineación, como la familia BLOSUM). Dayhoff y sus seguidores examinaron las bases…
Biofísica Computacional: ¿Qué contribuye más a los errores en la predicción y simulación de la estructura: inexactitudes en el hamiltoniano o muestreo insuficiente?

Sorprendentemente, para la mayoría de las proteínas, en realidad es un muestreo conformacional . Si nos fijamos en la mayoría de las parcelas RMSD vs. energía, claramente hay un embudo, pero raramente tomamos muestras de esas conformaciones. Echemos…
¿Cuáles son las ventajas / desventajas de la compartimentación en el contexto celular / molecular y cómo promueve la unión adecuada de proteínas?

La compartimentación presenta varias ventajas, de las cuales algunas de las más importantes incluyen: 1. Estructura definida de la célula en sí y sus orgánulos, que conduce a funciones definidas. 2. Protección contra invasores externos como bacterias y…
¿Hay una lista de donantes y aceptores de FRET?

Invitrogen.com es un gran recurso de todas las cosas fluorescentes Esta nota técnica brinda algunos donantes y pares de FRET y también puede comprarlos en Invitrogen http://www.invitrogen.com/site/u… También el Capítulo 13 de Los principios de la espectroscopia de…
¿Qué métodos se utilizan para determinar si una proteína sufre un cambio conformacional en determinadas circunstancias?

La respuesta a su pregunta casi describe qué tipo de describe lo que una gran parte de los bioquímicos / biofísicos hacen para ganarse la vida. La respuesta a su pregunta es muy amplia y trataré de cubrir…
¿Qué hace que los 20 aminoácidos que se encuentran en la proteína sean únicos?

¡Los codones! y los grupos especiales en los pocos aminoácidos específicos. Los codones, al codificar sus 20 aminoácidos específicos solamente y los grupos especiales que ayudan a mantener la estructura tridimensional, confieren unicidad a los aminoácidos. Los codones…
Al hacer mutantes fosfomiméticos para residuos de serina / treonina, qué sustitución es mejor: Asp (D) o Glu (E)?

Creo que ambos están bien, probablemente también depende de diferentes proteínas. Probablemente sea mejor probar ambos si el resultado realmente importa.
¿Por qué estamos compuestos de proteínas L-aminoácidos?

lo primero es lo primero: Si estuviéramos compuestos de D-Aminoácidos y ADN de giro izquierdo, nada difería de lo que somos ahora. El hecho es que algunos experimentos han demostrado que los aminoácidos pueden servir como catalizadores estereoespecíficos…
¿Cuáles son los puntos clave a tener en cuenta y los métodos para mejorar la producción de una proteína diana?

Lo primero que haría sería preparar nuevamente todos los reactivos (antibióticos e IPTG). Tampoco use un caldo de glicerol almacenado o un plato viejo para comenzar su cultivo. Recién transforma el nuevo BL21 con el plásmido de expresión…