¿Qué tan común es que el estado de energía más bajo de una proteína se encuentre en una conformación desplegada, en comparación con su conformación doblada “nativa”? (en su entorno celular natural)

La respuesta “clásica”, el dogma de Anfinsen, es que el estado doblado es el mínimo de energía libre dominante. La evidencia de esto se remonta a los años 60 y es bastante extensa. Por ejemplo, vea el artículo…
Bioquímica: ¿Cómo alguien calculó el área de superficie accesible de una proteína?

No es un cálculo muy “sofisticado”. La idea del “área de superficie accesible” en sí misma no es clara. Dado que las moléculas interactúan como si fueran gomosas / esponjosas (piense en superbalas) en lugar de vítreas /…
¿Pueden los humanos vivir sin aminoácidos?

Los aminoácidos forman un bloque de proteínas y tejidos corporales. Hay 20 alfa-aminoácidos, conocidos como aminoácidos estándar o aminoácidos proteogénicos, que constituyen proteínas. Como la vida no es posible sin proteínas, los humanos no podemos vivir sin aminoácidos.
¿Qué cinasa fosforila la mayor cantidad de proteínas únicas?

Me divertí con la respuesta a esta pregunta. Recurrí a algunos datos sobre combinaciones de quinasa-sustrato identificadas experimentalmente de PhosphositePlus, y encontré algunos datos interesantes: Más de la mitad de todos los sustratos identificados están fosforilados solo por…
¿Cómo es importante la termodinámica en el estudio del cambio de conformación proteica?

Respuesta corta: la termodinámica ayuda a comprender cómo y por qué ocurre un cambio conformacional. Respuesta larga: ¿Para qué se puede usar la termodinámica (TD)? Para saber si un proceso es termodinámicamente factible o no, es decir, si…
¿Cómo descubrimos qué secuencias de nucleótidos codifican para qué aminoácidos?

Nirenberg, Khorana y Holley descifraron el código y se les otorgó un Premio Nobel: cómo se rompió el código. Este enlace tiene toda la información que necesita. Se trataba de hacer ADN sintético, primero con un solo nucleótido,…
¿Las ciclinas cinasas son lo mismo que las quinasas dependientes de ciclinas (CDK)?

No soy un experto en ciclinas, pero definitivamente hay una considerable cantidad de control de traslación y postraducción de las ciclinas. Si observa la entrada de Cyclin D1 en Uniprot (aquí: ciclina-D1 específica de G1 / S), notará…
¿Hay bases de datos disponibles para encontrar inhibidores moleculares pequeños contra un complejo proteína / proteína en particular?

Dependiendo de si necesita un conjunto pre-calculado o si está listo para ejecutar sus propios cálculos, los enfoques son bastante diferentes. En el primer caso, su mejor opción es buscar publicaciones que tengan enlaces simulados a sus proteínas…
¿Cuál es la vida útil típica de una molécula de proteína en el cuerpo humano?

Depende de la función de la proteína. Este documento mide las tasas de renovación de proteína en ratones alimentándolos con algas marcadas con 15N y midiendo la tasa de enriquecimiento de isótopos en miles de proteínas. La vida…
¿Cómo el dióxido de nitrógeno daña las proteínas, los lípidos y el ADN?

El daño de las proteínas / lípidos / ADN debería ser la menor de tus preocupaciones si estás cerca de una nube de dióxido de nitrógeno. El dióxido de nitrógeno se combina con el agua para producir ácido…