Primero, la mayoría de la digestión enzimática no ocurre en el estómago. Ocurre en los intestinos, donde los ácidos del estómago han sido neutralizados.
En segundo lugar, el pH bajo no desnaturaliza inevitablemente las proteínas, solo la mayoría de las proteínas. Es posible que las proteínas desarrollen resistencia al pH bajo, y esto es lo que sucedió. La cantidad limitada de enzimas que se secretan en el estómago son resistentes al ácido. Por ejemplo, la pepsina tiene una actividad óptima a pH 2.0 y deja de funcionar a más de 6.5, volviéndose desnaturalizada irreversiblemente a pH 8.0, donde muchas otras enzimas son perfectamente felices.
Edite para agregar que desnaturalizar el sustrato no es un problema. De hecho, las proteínas desnaturalizadas a menudo pueden ser mejores sustratos para las enzimas, ya que tienden a linealizarse de modo que los enlaces peptídicos son más accesibles para la enzima. Mientras que algunas enzimas son altamente dependientes de la conformación de su sustrato, muchas proteasas y peptidasas están principalmente interesadas solo en la secuencia de aminoácidos específica, no en la conformación en absoluto. Por ejemplo, la pepsina principalmente solo se preocupa por la secuencia lineal de 2-3 aminoácidos (entrada ENZYME 3.4.23.1), en lugar de cualquier conformación 3-d.
