Si desea información precisa y verificada sobre su proteína, me temo que realmente no tiene más remedio que buscar en la literatura.
Sin embargo, si está dispuesto a estar satisfecho con una estimación aproximada y solo necesita algunas indicaciones básicas sobre la naturaleza de su proteína, existen algunas opciones.
Como mencionó el Usuario, PDB es una buena fuente si su proteína ya ha sido cristalizada. Puede obtener información básica, como estructura secundaria y terciaria, tamaño de la región cristalizada y algunos otros detalles. Si hay otra proteína disponible en PDB similar a su proteína en secuencia, quizás pueda usarla para aproximar la estructura de su proteína. Sin embargo, las limitaciones de los AP son que contienen las estructuras de muy pocas proteínas conocidas, e incluso estas proteínas a menudo son fragmentos cortos de un complejo que de otro modo sería más grande. Por lo tanto, no es muy útil si estás estudiando una proteína oscura o una que es difícil de cristalizar.
Sin embargo, para detalles extremadamente básicos, recomendaría UniProt. Proporciona información sobre:
- Secuencia de proteínas
- Estructura secundaria y terciaria conocida / predicha
- Modificaciones postraduccionales (donde existen)
- Función
- Ontologías genéticas
- Varios otros parámetros
Tomemos como ejemplo la página de Uniprot para GFP:
Proteína fluorescente verde – GFP – Aequorea victoria (Medusa)
Además de cierta información básica conocida sobre la proteína, si te desplazas hacia abajo verás esto:
¿Qué tipo de procesos tienen lugar dentro de las células humanas cuando estamos durmiendo?
¿Cómo funciona la proteína verde fluorescente?
A medida que las personas envejecen, ¿cómo cambian los músculos, la piel y la estructura ósea?
Las herramientas de la derecha son increíblemente útiles. Si elige ProtParam, le dará detalles tales como:
- Peso molecular predicho
- Composición de aminoácidos
- Composición atómica
- Coeficientes de extinción
- Vida media estimada
- Índice de inestabilidad
ProtScale es aún más útil. Proporciona escalas de aminoácidos predefinidas que se han establecido en la literatura para estimar hidrofobicidad / hidrofilicidad o predicciones de estructuras secundarias. Aquí hay una lista completa de lo que puede verificar:
Si juegas un poco con el sitio, estoy seguro de que puedes encontrar más funciones útiles.
Otros sitios que me gustaría visitar para obtener información adicional sobre mis proteínas son:
- PhosphoSitePlus: un recurso para la fosforilación de proteínas y otras modificaciones postraduccionales (solo para proteínas humanas, de ratón y de rata)
- Servidores de predicción de trastornos tales como PrDOS: Servidor de predicción de desordenes de proteína o DisEMBL: Predictores del desorden proteico intrínseco
