¿Cómo se filtra la sangre que podría contener virus / bacterias al comienzo de una enfermedad para permitir que solo sangre limpia llegue al cerebro?

No todas las bacterias existen en la sangre. Muchos tipos de bacterias, hongos y virus tienen células específicas que utilizan como huéspedes y generalmente colonizan esas células. No se dirigen al cerebro como tal si se alcanza el sitio de infección objetivo.

Sin embargo, hasta cierto punto, la barrera hematoencefálica impide que ciertos productos tóxicos de los microbios lleguen al cerebro.

También hay glóbulos blancos circulantes e inmunidad mediada por anticuerpos que ataca constantemente las infecciones.

A pesar de esto, una variedad de bacterias, virus, hongos e incluso parásitos pueden infectar al cerebro y formar lesiones, esquistosomiasis cerebelosa, meningitis, etc.

De modo que sí se producen infecciones cerebrales a través del líquido cefalorraquídeo o sangre o por las toxinas de varios microbios. También puede ser una septicemia secundaria a una infección que afecta el cerebro.

Entonces tu pregunta es un poco discutible.