Sin tomar Levofloxacina, ¿cómo puedo saber si esto es contaminación cada vez o algo más?

Bueno, ciertamente existe la posibilidad de que estos insectos sean resistentes a las fluoroquinolinas. La resistencia a la FQ entre organismos Gram-positivos en las ITU no está bien estudiada, ya que la mayoría de las ITU se deben a infecciones Gram-negativas. Pero la resistencia es conocida y no es especialmente rara. ¿Ha ordenado su médico un panel de prueba de sensibilidad a antibióticos? La resistencia cruzada para ciprofloxacina y levofloxicina es bastante probable ya que son químicamente similares y tienen el mismo objetivo molecular (ADN girasa).
Mecanismos y factores de riesgo para la resistencia a fluoroquinolonas en clínica

Las fluoroquinolinas en general y la levofloxacina en particular se asocian con un mayor riesgo de ruptura del tendón, especialmente en pacientes mayores. La FDA ha ordenado una advertencia de “caja negra” a este efecto en los prospectos. Si su médico no sabe esto, busque otro médico.
Rotura de Aquiles mediada por fluoroquinolonas: informe de un caso y revisión de la literatura.

¿Hay alguna razón por la que te opones a tomar Levofloxacina? Los efectos secundarios no son diferentes de cualquier otro antibiótico (diarrea, malestar gastrointestinal, etc.) y los efectos secundarios graves son raros.

E. cloacae y E. faecalis son bacterias que comúnmente colonizan el tracto gastrointestinal y se sabe que causan infecciones urinarias. Este último tiende a ser resistente a los antibióticos, por lo que es probable que su médico haya elegido Levofloxacina después de que la ciprofloxacina no eliminó su infección.

Le hicieron 3 pruebas que muestran la misma bacteria cada vez. Me parece muy probable que esta sea la causa de su infección. Siga las indicaciones de su médico. Hay una razón por la que te los dieron.