Primero diría que depende de la proteína que mires. Las diferentes proteínas tienen diferentes funciones y, por lo tanto, diferentes estructuras.
Por ejemplo, proteínas de membrana o proteínas globulares. Las proteínas de membrana están integradas en la membrana y están rodeadas por lípidos hidrófobos. Por lo tanto, tendrán aminoácidos hidrófobos en el exterior de la proteína para interactuar con los lípidos. Las proteínas globulares hacen lo contrario, tienen sus aminoácidos hidrofóbicos en el interior de la proteína. Protegiéndolo del agua donde están rodeados. Lo que hace que sus estructuras sean muy diferentes y se ajusten para la función de proteínas.
Tomemos una proteína de membrana como ejemplo. La mayoría de las proteínas de membrana pueden transportar (múltiples) moléculas sobre la membrana y pueden estar reguladas negativa o positivamente. Entonces, la estructura de la proteína debe permitir todas estas funciones. La estructura de una proteína puede cambiar de conformación abierta a cerrada en diferentes estímulos. Una vez que está en una conformación abierta, puede producirse la unión de la molécula, entonces la estructura cambiará para transportar la molécula hacia el otro lado de la membrana y liberará la molécula.
Básicamente, dependiendo de la proteína tendrá diferentes características estructurales para cumplir la función de proteínas.
