Cuando los electrones se mueven hacia abajo por la cadena de transporte de electrones hacia el oxígeno altamente electronegativo u otra molécula aceptora, al perder energía potencial entre complejos proteicos pueden aprovechar su energía para bombear protones * al espacio intermembrana: fuera de la matriz .
Por lo tanto, a medida que los protones (iones H +) se bombean, el pH disminuye, por lo tanto, haciendo que la matriz sea más básica.