Parece que hay una niebla alrededor de la nube inferior. Esto permitiría que cualquier sombra causada por la nube inferior que obstruye la luz solar se vierta sobre las partículas de agua en el aire, causando la mancha oscura en la imagen.
Desde mi limitado conocimiento sobre cómo la luz se refracta de las partículas de agua, supongo que es similar a cómo se puede ver la lluvia en la distancia cuando llueve justo al lado de una abertura en la capa de nubes, que parecen rayas cortas y curvas que vienen fuera de las nubes. Pero ya sabes, con sombras en lugar de luz.