La comunicación química a través de las membranas celulares está mediada comúnmente por canales iónicos regulados por ligando y receptores de superficie celular. En muchos casos, los ligandos difusibles (agonistas) se unen al dominio extracelular del receptor, inducen cambios conformacionales específicos y estabilizan el estado activado. Una vez activado, el agonista se desvincula del receptor y el receptor retorna al estado apo, de reposo (desactivación), o el receptor agonista unido experimenta uno o más cambios conformacionales adicionales que disocian la acción de la unión del agonista de la activación del receptor, es decir, el el receptor es insensible o insensible a la acción activadora del agonista.
Los estados conformacionales canónicos ocupados por la mayoría de los canales iónicos activados por ligando, y muchos receptores de superficie celular, son los estados en reposo, activados y desensibilizados. Si bien los estados de reposo y activación de múltiples receptores están bien caracterizados, la elaboración de las propiedades estructurales del estado insensible, un estado que por definición es inactivo, ha resultado difícil. Podemos utilizar experimentos eléctricos, químicos y cristalográficos en los receptores, que definen los reajustes conformacionales de los núcleos de unión a agonista que se producen tras la desensibilización de este canal iónico controlado por ligando.
También se pueden usar ensayos de degradación proteolítica limitada para estudiar las conformaciones de proteínas y luego investigar los cambios conformacionales inducidos por ligandos.
El análisis de la estructura cristalina también se puede usar para algunos tipos de receptores como los GPCR para conocer los cambios conformacionales que ocurren en un sitio local definido.
