Todos los aminoácidos son solubles en agua. Los aminoácidos hidrófobos también son solubles en agua debido a los grupos -NH2 y -COOH libres. Los aminoácidos aromáticos y alifáticos son menos solubles en agua, mientras que los ácidos y básicos son más solubles.
También exhiben una propiedad llamada ‘zwitter ion’, que es una molécula con una carga neta cero. Dependiendo del pH de la solución, la carga en los aminoácidos variará. Por ejemplo, a un pH muy bajo ( 13), será negativo. Para los aminoácidos que tienen un grupo de cadena lateral ionizable (p. Ej., Lisina, ácido aspártico), el estado del ión zwitter dependerá del pKa del grupo de cadena lateral.
Esta propiedad puede no parecer muy significativa para los aminoácidos libres en el agua, pero es ciertamente crítica para la funcionalidad de la proteína. Este es uno de los factores responsables de la desnaturalización de proteínas a pH muy bajo o muy alto. Además, el hecho de que algunas proteínas funcionen mejor a pH bajo o pH alto es debido a esta propiedad de los aminoácidos.
