¿Hay alguna pieza de software que pueda usar para comparar secuencias de aminoácidos del mismo gen de diferentes especies?

Puede usar la herramienta NCBI Protein BLAST para comparar las secuencias de aminoácidos y la herramienta también le da el puntaje de similitud. La base de datos NCBI también tiene la biblioteca de proteínas (o ácido nucleico).