¿Cuánta energía es la interacción entre el ácido carboxílico y el valor de N289 en base a los datos proporcionados?

John Mills ya ha señalado que la información brindada no ayuda realmente a responder la pregunta, pero creo que el resto de su respuesta no llega en la dirección correcta.

Lo que has preguntado es cuánto vale la interacción entre N289 y el ácido carboxílico [grupo funcional en el sustrato de molécula pequeña]. Para responder a esto, necesitamos una lectura de (es decir, algo medible que depende de) la energía de unión del sustrato y la enzima con y sin el ácido carboxílico (y / o con / sin N289). ¿Qué proporciona una lectura de la energía de enlace? La constante de enlace de equilibrio (Keq de la reacción Enzima + Sustrato Complejo) de un sustrato con su objetivo enzimático se relaciona con la energía libre de Gibbs (deltaG) de interacción.

Por lo tanto, si conoce el Keq de unión de las enzimas mutante y wt con el Compuesto 1, puede resolver el deltaG de cada interacción y calcular la diferencia en energía de unión. Esta diferencia sería atribuible a la presencia o ausencia del N289, si todo lo demás se refiere a que los sistemas se mantienen de la misma manera.

Alternativamente / adicionalmente, si conoce el Keq del Compuesto 1 y 2 vinculante con la enzima de tipo salvaje, debería poder resolver el deltaG de cada interacción y calcular de manera similar la diferencia en la energía de enlace, lo que se debería a la presencia / ausencia del ácido carboxílico en el sustrato de molécula pequeña.

Idealmente, estas energías serían las mismas, ya que N289 y el ácido carboxílico interactúan entre sí (y lo más importante, a partir de las figuras, parece que solo interactúan entre sí), y podemos decir que el valor energético de su interacción es [el valor calculado, llamémoslo “x”]. Pero podría haber más en la historia …

Sin embargo, para ser exhaustivo, también podríamos preguntarnos qué es Keq para unir el Compuesto 2 a la enzima mutante. Si este valor es el mismo que el anterior, entonces la contribución de los dos a la vinculación depende únicamente de su interacción entre ellos. Si no, entonces probablemente haya más cosas sucediendo. Para mantenerlo breve, exploraremos esa posibilidad en otro momento.

¡Espero que ayude!