¿Existen proteínas que tengan una alta afinidad hacia una proteína inicialmente pero que pierden su afinidad con el tiempo?

Este tipo de preguntas son el tipo de cosas que puteo acerca de la bioquímica y, en general, de la educación en biología (soy muy pro-calculus para los biólogos). [1] Está claro que una gran cantidad de bioquímicos de pregrado y un montón de bioquímicos graduados no tienen ningún sentido de que

• Las proteínas son dinámicas
• La unión es una propiedad de un sistema de moléculas en lugar de solo una molécula que se une a otras moléculas

Por supuesto, las proteínas pueden perder afinidad con el tiempo.

El modelo más simple es suponer que una proteína tiene dos confirmaciones, el estado de alta afinidad A y el estado de baja afinidad B. En un equilibrio, la proteína se intercambiará entre la conformación A y B. La afinidad (deltaG) será el resultado de ese conjunto .

¿Cómo puedes perder afinidad? Encuentre formas de hacerlo más parecido a B, donde hay cientos de trucos en el libro. Lo más fácil es secuestrar el estado B al tener una conformación B ‘con la cual la proteína eventualmente se plegará en función de factores ambientales como el pH y la temperatura, y sí, el tiempo.

También hay escenarios en los que el enlace daña la proteína y evita que se repliegue en el estado de alta afinidad. Tras la asociación y la disociación del ligando, el objetivo puede desplazarse hacia la conformación B hasta que se agote todo el objetivo.

Lo notable es esto: la conformación de alta afinidad sigue siendo la misma. La conformación A se mantendrá como conformación A. Pero a diferencia de un automóvil que se descompone y lentamente no funciona, esto es más parecido a tener un balde gigante de canicas que comenzó separadamente hasta que se mezclaron.

Notas a pie de página

[1] Respuesta de Christopher VanLang a la Bioquímica: ¿Cuáles son algunos de los conceptos más difíciles de entender para los bioquímicos?