El acoplamiento te dice qué ligando tiene la unión más fuerte entre el receptor. ¿Hay más información que el programa pueda decirte? ¿Como efectos secundarios, si es un buen candidato, etc.? Me gustaría obtener más información que solo una puntuación.
No. La puntuación de atraque es una aproximación de la afinidad de una molécula a la proteína. No le dice nada sobre otras propiedades de un buen candidato a fármaco, como los efectos secundarios o la farmacocinética. Si ya tiene un buen candidato, puede hacer una selección de ligando 2D que compara la similitud de dos moléculas candidatas. Una puntuación alta de similitud significa que las dos moléculas probablemente tendrán perfiles farmacológicos similares. En ausencia de una coincidencia conocida, el cribado de ligando 2D es lo suficientemente rápido como para poder seleccionar el compuesto contra todas las estructuras en el pdb para adivinar posibles respuestas fuera del objetivo.
Cribado de proteínas diana de fármaco por aproximación de emparejamiento de ligando 2D.
Otro enfoque es aplicar un filtro de moléculas con características indeseables basadas en sus propiedades físicas o los grupos funcionales que contienen. Por ejemplo, los peróxidos y quinonas rara vez son buenos medicamentos debido a su alta reactividad. Otros grupos funcionales, como la rodanina, a menudo unen múltiples proteínas con relativa afinidad. Filtrar estos tipos de compuestos puede aumentar la probabilidad de obtener un fármaco exitoso.
Nuevos filtros de subestructura para la eliminación de compuestos de interferencia de ensayo en pan (PAINS) de bibliotecas de selección y para su exclusión en bioensayos.
