La respuesta corta es: No. Los Biobricks no se han convertido en el estándar omnipresente para la biología sintética, pero definitivamente no han fallado. Teniendo en cuenta que comenzó hace más de 10 años, definitivamente ha inspirado muchos otros estándares de ensamblaje y demostrado el beneficio de tener un método de ensamblaje estandarizado.
Los enfoques de ingeniería / CAD de tipo biobricks son el estándar de hoy. Definitivamente, no es demasiado pronto para que los enfoques de ingeniería y software sean utilizados en biología. En todo caso, es algo que ya hace mucho tiempo que estaba pendiente y es completamente normal para la mayoría del trabajo moderno.
En términos generales, synbio no ha llegado al punto en que tener un solo conjunto de partes estándar y métodos de ensamblaje sea de utilidad global. Aquí están algunos de mis pensamientos recientes:
1. Existen suficientes técnicas y manipulaciones diferentes que se requieren aproximadamente la misma cantidad de esfuerzo para manipular genes, ya sea que esté utilizando el estándar de biobrick o no.
2. Dependiendo de su configuración y de los planes generales para su uso final (es decir, elección del organismo, modificación del genoma, métodos de automatización, etc.), puede preferir un ensamblaje sobre otro. El estándar de biobrick sería solo una opción.
Aquí hay una buena reseña sobre una serie de métodos: página en nature.com
3. A menudo, también podría sintetizar sus propios genes para secuencias personalizadas, optimización de codones, confiabilidad y preferencia de clonación.
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4. La biología, en general, todavía no “solo funciona” como un programa de computadora. La cantidad de trabajo que se dedica al ensamblaje de genes (siempre que use un método bastante moderno) es mucho menor que la cantidad de trabajo que viene después. Si no puedes clonar, pero puedes hacer experimentos, entonces eres útil. Si puedes clonar, pero no puedes hacer experimentos, entonces no lo eres.
Para los académicos: los proyectos a menudo no alcanzan un alcance en el que un estándar de ensamblaje genético sea enormemente beneficioso. No hay un número excepcionalmente amplio de laboratorios que se beneficiarían al ensamblar un conjunto de piezas estandarizadas. Los proyectos a menudo implican objetivos de investigación o genes más novedosos.
Para las empresas: mirando a Ginkgo, Amyris y mi propia empresa emergente, Hyasynth, todos hemos hecho un cierto nivel de trabajo para hacer que nuestro ensamblaje de genes y el proceso general sea lo más eficiente y efectivo posible. Podríamos usar el estándar de biobrick, pero tenemos nuestras propias cosas por algunas de las razones que he mencionado.
Hay iGEM Labs: http://igem.org/Labs_Program
Estos tienen acceso al registro y he notado algunas partes que aparecen en publicaciones aquí y aquí.
