Se supone que debo elegir entre dos temas de investigación: 1) aislamiento de fagos de una muestra de suelo o aguas residuales o 2) detección de bacterias específicas mediante PCR. ¿Puede alguien convencerme de hacer una sobre la otra?

Sé más sobre los bacteriófagos.

Personalmente, iría por fagos seguro. Porque es una pasión de por vida para mí (incluso escribió un artículo sobre la terapia de fagos).

Creo que puede apoyarse mucho más en la ecología microbiológica mediante el uso de fagos. PCR, lo haces una vez, está bien, genial. Usted encuentra su bacteria? Fresco … Pero los fagos, están EN TODAS PARTES, y su presencia puede ayudarlo a identificar la presencia de bacterias certains en su muestra (donde hay un fago, probablemente haya una bacteria que infecta).

Tienen un ADN pequeño, así que, como dijeron otros, puedes secuenciar el ADN del fago a bajo precio, y si encuentras uno nuevo, ¡puedes ponerle un nombre!

Además, aislar los fagos es bastante fácil, porque están en todas partes. Detección de una bacteria por PCR … Odio la PCR porque, en los cursos técnicos, las personas siempre van a hablar conmigo o me preguntan algo, o puedo distraerme. Y perdí la pista de mis tubos … Y como son microlitros … No tengo forma de saber si había puesto la solución en el ependorf.

Soo. Para mí, fagos, no todos aprenderán eso. Todos lo aprenden en PCR, en muchos otros dominios aparte de la microbiología, ya tienes o tendrás un curso en el que tendrás la oportunidad de practicarlo. Aislamiento de fagos, no. Y puede ser una ventaja.

A pesar de lo que escribieron las otras dos personas y de que tampoco estoy familiarizado con los fagos, creo que aislar fagos de muestras ambientales no puede ser tan complicado ya que un grupo de estudiantes de pregrado en mi laboratorio asistieron recientemente a un taller de capacitación de una semana donde hicieron exactamente eso (externamente, nuestro laboratorio no es un laboratorio de fagos). Claramente, el principio básico es lo suficientemente simple como para que se pueda hacer como una actividad de capacitación estructurada.
Pero aún así, incluso si fue solo un proyecto corto y se vio forzado a seguir más o menos algún tipo de plantilla preexistente, suena más interesante que qPCR. Yo elegiría el proyecto de fagos también. Incluso si tienen la misma complejidad técnica y valor educativo, se trata de encontrar algo nuevo versus medir algo ya conocido.
En términos de costo, los medios de cultivo microbiológicos son también más baratos que los reactivos qPCR en general. En el caso de que descubras algunos fagos, la secuenciación es muy barata, unos pocos dólares por muestra.

Los fagos son mucho más interesantes y tienen alguna potencial novedad. La detección / muestreo microbiano se está moviendo a NGS, la PCR es un poco vieja escuela y probablemente un callejón sin salida a menos que haya alguna técnica novedosa o propiedad bacteriana específica que solo pueda detectarse con PCR. Solo una cuestión de opinión, por supuesto, es su vida y su tiempo, así que vaya con lo que más le interese.

Dado que qRT-PCR se usa todos los días por los laboratorios para diagnosticar cualquier cantidad de patógenos, ya sean bacterianos, virales o parásitos, creo que esa sería la ruta a seguir si usted tiene acceso a la tecnología. Por el contrario, no sé cómo aislar otros fagos posiblemente mediante inmunoprecipitación, pero aquí hay un breve artículo sobre cómo lo hace la industria láctea. Buena suerte.
Página en http://www.dairyscience.info