Estoy planeando hacer mi tesis sobre el plegamiento de proteínas (biofísica). He descargado PyRosetta para esto. ¿Es posible doblar las proteínas en PyRosetta? ¿Cómo y de dónde comienzo?

Estoy de acuerdo con las dos respuestas aquí.

  • Primero debe tener una pregunta de investigación u objetivo bien definido basado en la revisión de la literatura.
  • Formular una pregunta de investigación clara es tan difícil como la investigación misma.
  • Solo cuando tenga una pregunta bien definida, ¿puede pensar en métodos o formas posibles de responder la pregunta?

Dicho esto, los estudios de plegamiento / diseño / ingeniería de proteínas a menudo se publican en estas revistas (podrían ser útiles junto con la página del Consorcio Protein Folding):

  • The Journal of Chemical Physics
  • The Journal of Physical Chemistry B (Publicaciones de ACS)
  • Revista de Teoría Química y Computación (Publicaciones de ACS)
  • Diario biofísico
  • PLOS Biología Computacional

El primer paso en su investigación de tesis debería ser leer extensamente sobre el subcampo en la literatura académica (artículos de revistas) para familiarizarse con los problemas en los que las personas están trabajando y los métodos que están usando. El plegamiento de proteínas es un gran campo.

Si no está seguro de dónde empezar, le recomiendo consultar la página web Protein Folding Consortium y escanear algunos de los últimos documentos y laboratorios.

Nunca debes usar Rosetta para doblar las proteínas. Rosetta está diseñado para la determinación de la estructura. Folding @ Home y otros sistemas de dinámica molecular están diseñados para plegar proteínas.

Debe usar la herramienta correcta para el problema correcto.