Como se define en una revisión de Schneider, et al. , los métodos de diseño de novo no están necesariamente exclusivamente basados en la estructura.
Diseño de novo : el diseño de compuestos bioactivos mediante la construcción incremental de un modelo de ligando dentro de un modelo del receptor o sitio activo de la enzima, cuya estructura se conoce a partir de datos de rayos X o RMN. [1]
La identificación de las restricciones de objetivos primarios es necesaria para el diseño de novo : las restricciones de objetivos primarios son toda la información que está relacionada con la interacción ligando-receptor [1]. En este contexto, “información” se refiere a las interacciones y contactos colectivos que contribuyen a la afinidad del ligando por su objetivo de macromolécula (típicamente, una proteína): enlaces de hidrógeno, interacciones electrostáticas y contactos hidrofóbicos. Las “Restricciones” se pueden deducir de la estructura tridimensional de alta resolución del objetivo de la macromolécula, clasificada como basada en receptor o de los ligandos del objetivo, basados en ligandos [1]. Entonces, si el diseño usa ligandos del objetivo, no la estructura del objetivo, el diseño no está basado en la estructura.
[1] Schneider, G. y U. Fechner. “Diseño De Novo basado en computadora de moléculas similares a las drogas”. Nature Reviews Drug Discovery . 4 : 649 – 663. 4 de agosto de 2005.
