¿El descubrimiento de la estructura terciaria de una proteína implica más biología o química?

La estructura terciaria de una proteína está muy integrada y se ocupa tanto de la biología como de la química y también de la física. Dependiendo de su enfoque, si se trata del proceso experimental de rayos X, RMN o microscopía crioelectrónica, entonces, como puede haber estudiado, hay una variedad de factores asociados con la estructura que incluyen la física, la química y la biología. La relación entre secuencia y estructura y también de estructura a función se puede determinar a partir del modelado de la estructura terciaria de la proteína. El enfoque integrativo asociado con la estructura terciaria de la proteína hace que estas macromoléculas sean extremadamente complejas para formar en función de varios parámetros, como la puntuación R, la puntuación Clash, el porcentaje de valores atípicos de Ramachandran e incluso la resolución. RCSB PDB es un gran repositorio completo de todas las estructuras disponibles de proteína y complejo de proteínas disponibles en todo el mundo.

Si tomamos el camino teórico, podemos utilizar varios programas desarrollados para la predicción del modelo de la proteína terciaria utilizando los enfoques de homología o ab initio . Aquí nuevamente, el análisis juega un papel importante y la realización de los aspectos clave de las estructuras de los datos es importante ya que se requiere uno para validar el modelo teórico.

Para obtener más explicaciones, puede consultar el curso PDB-101 disponible en línea en el sitio PDB.

¡Hope fue de ayuda!

Puedo complicar alegremente la decisión lanzando una tercera opción; física. A veces se cita a Ernest Rutherford diciendo: “Lo que no es física es la recolección de sellos”.

En realidad, no importa la etiqueta que cuelgues de ella, es la misma cosa, sin embargo, está etiquetada. Lo que hace la etiqueta es que sugiere un modelo mental que puede usarse para estudiarlo. Necesitamos modelos mentales para sugerir formas de investigar.

Hay un gurú de la administración llamado Edward De Bono. Su técnica se llama “Seis sombreros para pensar”. Utilizando mi otro sombrero como entrenador de gestión, lo recomiendo. La técnica de De Bono es observar situaciones desde seis puntos de vista diferentes que él representa con sombreros de diferentes colores. Cambiar mentalmente a un sombrero de diferente color cambia el modelo mental que usa. Sigue siendo la misma situación, pero tiene un nuevo conjunto de herramientas para estudiarlo.

Exactamente de la misma manera cuando observa un fenómeno científico, puede elegir un enfoque. (O como Lord Rutherford puede llamar a cada enfoque una rama diferente de la física.) El desafío no es encajar el fenómeno en una rama de la ciencia. El verdadero desafío es encontrar cuántas ramas diferentes de la ciencia puedes aportar.

Al descubrir la estructura terciaria, si quisiste saber cómo se ve realmente la proteína, es física. hasta hace poco, esto solo se podía lograr a través de la cristalografía de rayos X. En los últimos tiempos, los científicos han tenido éxito en la resolución de estructuras de ensambles de proteínas más grandes usando microscopía electrónica.

Ambos campos tienen mucho que ver con la óptica y requieren bastante matemática no trivial para deconvolucionar los datos. Si miramos hacia atrás a las personas que han ganado premios Nobel por descubrir estructuras de proteínas, todos ellos han sido matemáticos o físicos anteriormente. Sí, uno necesita un poco de conocimiento de biología para hacer la muestra y química para hacer que la proteína se pueda usar para cristalografía o microscopía (aunque los cristales crecientes son más un arte) necesita química nuevamente para comprender e interpretar su estructura a nivel molecular. Pero una vez que tienes la muestra y tu único objetivo es llegar a la estructura, no hay biología y muy poca química involucrada.

Dicho esto, los bioquímicos pueden realizar cristalografía porque la ciencia ha avanzado tanto que todo lo relacionado con la cristalografía se ha vuelto tan fácil de usar. El análisis de datos en cristalografía ya no es un cuello de botella, pero la preparación de la muestra es para que encuentres más bioquímicos haciendo cristalografía que físicos (ya que probablemente no estén entrenados en los aspectos de preparación de muestras de la cristalografía)

TL: DR que describe la estructura de la proteína es bioquímica. La solución de la estructura es física.

Buena suerte

Está en la intersección de ambos campos. Tanto los biólogos como los químicos trabajan en la estructura de las proteínas. Dependiendo de los métodos que use el laboratorio, el trabajo puede llamarse, incluso, legítimamente física.

Si necesita etiquetarlo como uno de esos, elija el campo que prefiera. De lo contrario, consulte las publicaciones en las que publica el laboratorio.

Depende si usted está mirando los efectos biológicos de la conformación, o las formas químicas en que se logra, y por qué lo hace.

Ambos, en realidad. Es por eso que el nombre correcto del campo que está buscando se llama: “bioquímica”.