¿Cuál es el número mínimo de residuos de aminoácidos en un péptido que se requiere para formar un bolsillo hidrofóbico? ¿Existen buenos sistemas de modelos pequeños para estudiar la formación de tales ambientes hidrofóbicos dentro de la estructura biomolecular?

Depende de lo que quiere decir con “bolsillo”.
Pocket implica un sitio de unión estable en la superficie de una proteína. Para los péptidos, que generalmente no tienen estructura terciaria estable, el término “agrupación hidrofóbica” se usa a menudo para indicar una asociación transitoria de residuos hidrofóbicos en una conformación metaestable. Los grupos transitorios de este tipo pueden ser muy pequeños (3-4 residuos) Los clústeres hidrófobos estables implicados en las primeras etapas de plegamiento de proteínas suelen ser más grandes (~ 7 o más residuos). Tenga en cuenta que estos grupos no se denominarían bolsillos ya que finalmente terminan en el interior de la proteína después del plegamiento. Los grupos hidrofóbicos en el plegamiento de proteínas de algunos sistemas modelo se pueden encontrar en el siguiente enlace
Reconocimiento automático de clústeres hidrofóbicos y su correlación con unidades de plegamiento de proteínas