Históricamente, fue una de las primeras proteínas diseñadas de novo (en latín significa desde el principio que es una proteína nueva y no solo una modificación de una existente hecha por unas pocas mutaciones) (1) La proteína alfa3D es una simple hélice diseñada por tres a partir de unas pocas reglas heurísticas en lugar de una evaluación exhaustiva de la energética del espacio de secuencia. Fuera de su importancia histórica, es un ejemplo de proteína plegable ultrarrápida (el interior de la proteína se estabiliza por completo por interacciones hidrofóbicas) y debido a que su paisaje energético es tan liso es una de las pocas proteínas en las que se puede simular el plegamiento molecular. dinámica. (2) *
- Desde bobinas en espiral hasta proteínas globulares pequeñas: diseño de un paquete de tres hélices tipo nativo.
- Plegado ultrarrápido de alpha3D: una proteína de paquete de tres hélices diseñada de novo.
* Simular la ruta completa de plegamiento de una proteína mediante dinámica molecular es muy difícil y, en general, no es una opción realista para las proteínas más pequeñas con paisajes de energía suave. Los programas de predicción de estructuras realmente usan un proceso diferente por completo, pero creo que esa es la respuesta a una pregunta diferente.
