Mientras que los eucariotas tienen proteínas especiales llamadas histonas para empaquetar el ADN nuclear en espacios más pequeños, los procariotas lo hacen con el mecanismo de superenrrollamiento.
La mayoría de los procariotas no poseen proteínas histonas complejas como la de las histonas eucariotas. La excepción aquí son las arqueobacterias , que poseen proteínas histónicas bioquímicamente similares a las histonas eucariotas que sugieren un vínculo ancestral.
Todas las otras bacterias tienen proteínas básicas mucho más pequeñas y menos complejas llamadas ‘ proteínas similares a las histonas ‘. HU es uno de esos tipos de proteínas plegables y una de las proteínas más abundantes en el nucleoide. Las proteínas HU junto con otras proteínas ayudan a las enzimas como la topoisomerasa I a introducir curvas pronunciadas y permitir el superenrollamiento de cromosomas circulares.