Los genes más comunes utilizados al modificar el ADN son genes marcadores . Cualquier gen que tenga un efecto realmente obvio en una célula puede usarse como un gen marcador. Los marcadores se agregan al ADN original al mismo tiempo que cualquier cambio que el genetista esté tratando de hacer en el ADN. El gen marcador proporciona una forma muy fácil de saber si el ADN se ha modificado con éxito.
Por ejemplo, supongamos que una compañía está tratando de producir genéticamente maíz más dulce. Tratan de poner el gen para obtener una dulzura extra en el maíz, pero no sabrán si han tenido éxito a menos que siembren el maíz en el suelo en la primavera y lo cosechen cuatro meses después. Ese es un largo tiempo para esperar el resultado de una prueba exitosa. Por lo tanto, en su lugar pondrían el gen para una dulzura extra y un gen marcador para brillar en las proteínas oscuras en el maíz a la vez. Pueden controlar incluso una sola célula de maíz para ver si brilla en la oscuridad. Si lo hace, sabrán que sus genes se agregaron con éxito al ADN del maíz.
Tres genes marcadores comúnmente usados son: 
Proteína verde fluorescente : originaria de una medusa, este gen hace que el organismo produzca una proteína que brilla bajo la luz ultravioleta. Incluso es posible ver una sola célula brillante. En esta foto, el ratón en el medio es normal, pero los dos en los bordes tienen el gen marcador de la proteína verde fluorescente.
Pantalla azul-blanca: originalmente de una bacteria, este gen hace que el organismo cree una enzima que descompone ciertos azúcares en una sustancia química azul. Las bacterias blancas en la placa de Petri no tienen el gen para la pantalla azul-blanca, pero las azules lo hacen, y descomponen un azúcar complejo en materia azul.
Ensayo GUS: también de una bacteria, este gen marcador se usa principalmente en plantas. Hace que la planta descomponga algunos azúcares complejos en una sustancia química que se volverá azul cuando se trate con ciertas manchas, como estos granos de arroz.
Por supuesto, el objetivo final de la ingeniería genética no suele ser el maíz que brilla en la oscuridad o el azul. Los genes marcadores son muy útiles para determinar si las modificaciones genéticas que está realizando están funcionando, pero deben eliminarse una vez que haya terminado de analizar su organismo, dejando solo el gen que le importaba en primer lugar.
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