Si se le da una secuencia de aminoácidos y una proteína plegada que contiene esa secuencia, ¿puede verificar mediante cálculo que es la estructura correcta?

Existen varias herramientas para detectar errores en las estructuras dadas la secuencia de la proteína, pero desafortunadamente este no es un problema directo de mochila.
http://www.rcsb.org/pdb/static.d…

Si y no.

Hay una gran rama de simulaciones dinámicas moleculares para intentar predecir el plegamiento de proteínas, pero las estructuras predichas sin un modelo de partida muy bueno (proteína similar con cristal resuelto o estructura de RMN) son incorrectas con más frecuencia de lo que son correctas, especialmente para grandes asociados a la membrana o proteínas post traducidas modificadas.

Google foldit para probar un laico MDS fácil de usar.